曾国藩与左宗棠构隙，不在转战江南时，而在攻破江宁(南京)后。曾国藩听信众将所言，认定洪秀全之子洪福瑱已经死于乱军之中，江南战事即将结束。可是没过多久，太平军残部窜入湖州，左宗棠侦悉洪福瑱仍为军中在职领袖，于是密疏奏报朝廷。曾国藩听闻这一消息后，怀疑左宗棠别有居心，因此十分恼怒，腾章加以驳斥，说左宗棠夸大其词，有故意邀功请赏之嫌;此时，闽浙总督左宗棠已不是一盏省油的灯，又岂肯无辜受责?他具疏自辩，洋洋数千言，辞气激愤，指斥曾国藩欺君罔上。这样一折腾，事情就闹大了，清廷正在用人之际，也不好出面评判谁是谁非，干脆降谕旨两相调解。
曾、左二巨头公然反目，一些小人乐观其争，好从中渔利，故而调和者少，挑拨者多，俨然形成两大水火不容的敌垒，矛盾越积越深，死结越打越牢。洪福瑱最终被江西巡抚沈葆桢捕杀，那一刀狠狠地切下去，太平军算是完了，曾国藩、左宗棠之间的恩怨却还没完。
曾国藩晚年对人说：“我平生最讲求的就是‘诚信’二字，他居然骂我欺君，我还能不耿耿于怀!”不开心归不开心，不惬意归不惬意，真要说到“公忠体国”这一点上，曾国藩仍然十分看好左宗棠。当年，有人从西北边陲考察归来，与曾国藩谈及左宗棠治军施政，事事雷厉风行，卓见成效，曾国藩由衷佩服，击案赞叹道：“当今西陲的重任，倘若左君一旦卸肩，不仅我难以为继，就算是起胡文忠(胡林翼)于九原，恐怕也接不起这副担子。你说是朝端无两，我认为是天下第一!”曾国藩说这话，的确有过人的雅量和诚恳，不是故意摆出高姿态。
