根据毛泽东的指示及新疆军政当局准备与解放军和平谈判的意向，9月10日，彭德怀作为中共中央负责代表，在兰州与新疆当局谈判和平解决新疆问题。同一天，张治中根据毛泽东的授意，在北平致电陶峙岳、包尔汉·沙赫德拉，劝勉他们当机立断，举行起义，正式宣布与在广州的国民党政府断绝关系，归向人民民主阵营。
9月15日，邓力群从伊犁秘密飞抵迪化，同陶峙岳、包尔汉?沙赫德拉等晤谈。邓力群转达了张治中的指示以及党中央和毛泽东的慰问与鼓励，进一步阐明了和平解放新疆的主张和政策。17日，陶峙岳、包尔汉?沙赫德拉复电张治中表示：“在保障国家领土、维护本省和平及避免军队无谓牺牲之三原则下，选择时机、和平转变。”
但是，反对起义的叶成、马呈祥、罗恕人等人却图谋暴动，策划拘捕主和派的刘孟纯、陶晋初、屈武等人。后经陶峙岳和曾震五的多日恳谈劝阻，事态才平息下来，并将他们送出南疆去了印度，从而为新疆和平解放扫清了道路。
在一野强大军事攻势的威慑和中共和平政策的感召下，陶峙岳、包尔汉?沙赫德拉等于9月25日、26日分别通电起义，郑重宣布：与国民党广州政府断绝关系，服从中国人民政治协商会议领导，接受毛泽东主席提出的和平条件，维持地方秩序，听候命令处理。新疆宣告和平解放。28日，毛泽东、朱德复电陶峙岳、包尔汉：“我们认为你们的立场是正确的”，“此种态度符合全国人民的愿望，我们极为欣慰。希望你们团结军政人员，维持民族团结和地方秩序，并和现正准备出关的人民解放军合作，废除旧制度，实行新制度，为建立新新疆而奋斗。”
遵照一野前委的指示，第一兵团做好了两手准备：一面力争和平进军新疆，一面不放松战斗的准备。9月28日，一野前委发出进疆的部署：“二军将要解放北疆之哈密、奇台、迪化与伊宁自治区，与苏联领土联接。六军将进军南疆之吐鲁番、焉耆、库尔勒、阿克苏、和阗、于阗。”王震考虑到进军南疆比进军北疆的任务更艰难，第二军应担负更艰巨的任务，于是向前委建议改变原来进军地区的部署。一野前委批准了王震的建议，决定以第二军为左路军，进军南疆;以第六军为右路军，进军北疆。
