崇祯六年(1633年)，良玉自京师还，专防川东。马祥麟、张凤仪、秦翼明留守京师
崇祯七年(1634年)，张献忠入川，秦良玉与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，在夔州(奉节)打败张献忠，使之退走湖广。
崇祯十三年(1640年)，罗汝才犯四川，秦良玉领兵至，汝才不战而逃，秦良玉率白杆兵追击，在巫山和夔州重创罗汝才农民军。并夺其大纛。擒其渠副塌天。
崇祯十七年(1644年)，督师杨嗣昌尽驱贼入川。 张献忠、罗汝才联军再犯四川，杀老将张令，秦良玉驰援夔州，然不敌联军，因川抚邵捷春不用其计，以致全川沦陷，秦良玉退回石柱。
南明隆武二年(1646年)，清军攻占北京，大举南侵，秦良玉已年七十三岁，毅然接受隆武政权赐封太子太保、忠贞侯封号以及“太子太保总镇关防”官印，继续高举扶明抗清的旗帜，准备前往福建抗清，然郑芝龙叛变，隆武帝被捉，未能成行。
南明永历二年(1648年)，在西南的永历皇帝派人加秦良玉太子太傅，授“四川招讨使”。久卧病床的一代女豪杰，闻之瞿然而起，拜伏受诏，感泣道：“老妇人朽骨余生，实先皇帝(崇祯)恩赐，定当负弩前驱，以报皇恩!”使者大喜，即刻回朝复命，可惜的是，几日之后，秦良玉就因病重抱恨而终。
清顺治五年 (1648年)五月二十一日，秦良玉薨于大都督府玉音楼，葬于石柱县东3公里处、龙河北岸的回龙山(今石柱县大河乡鸭桩村)，享年75岁，南明朝廷谥号“忠贞”。
