此后，戚继光又取得几场胜利，至此，倭寇在浙江的势力基本上清除，浙江又恢复稳定和安宁。戚继光在浙江抗倭战争中，取得了九战九捷，歼敌六千的辉煌战绩。当戚家军凯旋归来时，台州人民出城欢迎，人群组成一条二十多里长的长龙，欢声雷动，共同庆贺英雄归来。
嘉靖四十一年(1562年)七月，戚继光被任命为上将军，率领六千军队到福建平定倭患。当时，倭寇在福建的活动十分猖獗，倭寇在宁德的横屿、福清的牛田、兴化的林墩修筑大量倭垒，以此为基地大肆在福建沿海各地进行烧杀掳掠。八月，戚继光到达福建，仔细观察战场形势，决定集中兵力，首先拔除倭寇在横屿的基地。横屿位于宁德县城东北十里，漳湾之东的海中，与大陆一衣带水，离岸约十里，和大陆中间隔着一片浅滩。涨潮时一片汪洋，退潮全是泥滩，人和舟船难以通过。倭寇在岛上约千余人，并筑木城建基地，和牛田、林墩互为支援，妄图长期据守。要收复横屿，必须解决漳湾上的倭寇党羽，方可进兵。戚继光对倭寇党羽晓以大义，并保证对他们过去的罪行既往不咎，最终使其全体投诚。八月九日早晨，戚继光利用退潮之机，让士兵用稻草铺路，一鼓作气，登上岸去。继而三面包抄，前后夹攻，焚烧岛上木城，在戚家军凌厉攻势下，倭寇负隅顽抗。经过六小时的鏖战，岛上倭寇全部肃清，此战，生擒九十余人，斩首二千六百余，救出被掳百姓三千七百余人，收复了被倭寇据守三年的横屿。
此时分布在福建沿海各地的倭寇数万人，听说戚家军到来，全都到牛田集中，分别在杞店、西林、上薛、木岭、葛塘、闻读等地据守，筑成一道延绵三十里的营垒。九月一日夜，戚继光率领所部，轻装衔枚，悄悄地向杞店急驰。到了倭巢，越墙而入，打开倭巢大门，大军一拥而入，倭寇从梦中惊醒，在懵懵转向之中，命丧黄泉。战斗一结束，戚继光又马不停蹄赶往银屏山设伏，将前来救援的七百倭寇全部消灭。之后，戚继光乘胜追击，连破牛田、上薛、闻读等巢，一路追到新塘，共计斩首六百八十人，收降数千，解救被掳男女九百五十四人。盘据在西林、木岭的倭寇见牛田已破，抱头鼠窜地向惠安、晋江一带逃遁。
九月十二日，戚家军从福清出发向兴化进攻，沿途歼灭倭寇千余，并于十三日黄昏收复兴化。十四日夜，大军乘着皎洁的月光风驰电掣般向倭寇据守的林墩前进，在黎明之前到达林墩后，遂发起进攻。当一轮红日从地平线升起时，倭寇才发现戚军到来，仓皇应战。经过几个小时的激烈战斗。二千余倭寇在戚家军猛烈攻击下灰飞烟灭。此后，戚继光又在福清打退了倭寇的反扑。至此，福建的倭患暂时得到了缓解，戚继光遂班师回浙。
戚继光回浙不久，倭寇又卷土重来，这年冬，倭寇再度侵占兴化。朝廷急忙任命抗倭名将俞大猷为福建总兵，同时急调戚继光再次入闽。倭寇获悉戚家军前来，便于次年一月，匆匆从兴化撤出，退守兴化东南的平海卫。
