在旅顺北洋军事基地建设大展宏图之后，汉纳根再接再厉，负责设计和修建了大连湾、威海卫炮台，特别是他在威海卫港湾主持修筑的13座海岸新式炮台曾被后人誉为“东海屏障”。
不过，炮台修的再好，也只能顾及海中，不能兼顾后路，汉纳根提出加强后路防卫，但清廷为了节省军费开支大量削减北洋兵勇，汉纳根也招来了一些中国官吏的抨击，称他是“怀挟私意”。
1890年汉纳根任期届满，再加上受到排挤，这位兼具军事素养和技术才能的德军大尉不得不黯然离华。不过，汉纳根与中国的缘分未尽，1894年6月，汉纳根“以私事重至中华”，此时正值中日危机，汉纳根主动向李鸿章提出去朝鲜察看形势。
