又过了两年，商纣王杀了比干，囚禁了萁子。武王要伐纣王，但占卜结果却不吉利，而且兵未出行，又遇到暴风雨。众大臣都很恐惧，只有吕尚坚持出兵，他说那些占卜用的龟甲和蓍(音式)草根本不懂什么吉凶。武王最终听从了吕尚的意见，在牧野向军队训话，之后开始攻打商纣王。在这场战争中，吕尚的战略战术的指挥都很得法。
在战略指导上吕尚善于把握战机，他选择商军主力远征东夷，纣王在国都朝歌孤立无援、众叛亲离的有利时机领兵出战。周军甲兵四万五千人，加上其他诸侯国军队，在朝歌南面七十里的牧野(今河南萁县西南)和商军展开激战。战略时机的正确选择是周军最后取胜的重要前提。
在战术运用方面，吕尚攻心为上，他亲自率领百名精锐冲击商军阵脚。因为打前阵的是奴隶，吕尚初战告捷之后，武王便率主力跟进围歼，加上商军中的奴隶兵的倒戈，周军很快大获全胜，商朝被灭。
周朝建国之后，将吕尚封于齐，都城营丘(今日临淄)。吕尚东行到自己的封地去，路上每宿必留，走得很慢。有人对他说：“我听说过时机难得而易于失去，作为一个客人，安于路边旅店中的享乐，恐怕不象到自己封地上任的样子。”太公听了，夜里穿起衣服马上前行，天亮时到达营丘，正好遇到莱国的人来与他争夺营丘。
吕尚在齐国政局稳定后，又开始改革政治制度。他顺应当地的习俗，简便周朝的繁文缛节。大力发展商业，让百姓享受鱼盐之利。于是天下人来齐国的很多，齐国成为当时的富国之一。在周成王时，管叔、蔡叔作乱，淮河流域的少数民族也趁机叛乱，周王下令给吕尚说：“东到大海，西到黄河，南到穆岭，北到无棣，无论是侯王还是伯男，若不服从，你都有权力征服他们。”从此，齐国成为大国，疆域日益广阔。
太公吕尚活了一百多岁而卒，但葬地不详。
