看了谈话要点，刘华清很是吃惊。如果说当初任军委副秘书长他没有想到的话，这次更没有思想准备了。谈话稿已下发、传达，亲自去向邓小平说明自己的想法已来不及了。他立即给邓小平办公室的同志打电话：请向邓主席报告，我难以胜任，还是选别人好。
邓办的同志回答：邓主席已经定了，不会改变。
11月9日下午，全会通过了《关于同意邓小平同志辞去中共中央军事委员会主席职务的决定》，通过了中央政治局根据邓小平提议议定的中央军委人事安排：主席：江泽民;副主席：杨尚昆、刘华清;委员：杨白冰、秦基伟、迟浩田、赵南起。
中央军委成员7人中，江泽民是中共中央总书记，杨尚昆是国家主席，杨白冰、秦基伟、迟浩田、赵南起分别兼任总政治部主任、国防部长、总参谋长、总后勤部部长，只有刘华清是专职做军委工作。军委新班子组成后，江泽民在首次会议上做了明确分工。他说，军队的事情要讲效率，不能延误时机，重大问题要提交中央常委会讨论，军委常务会议由刘华清主持。刘华清深深感到了责任的重大。他当即表示：要尽职尽责、努力工作，做好江主席的助手。有问题时，先向杨副主席请示，重大问题及时报告江主席。
刘华清主持军委日常工作后，受命承担了多项重大任务的领导工作。长期做装备科研工作的实践，使刘华清对世界军事科学发展形势和中国军队武器装备存在的问题、差距了如指掌。他曾说：“在军委工作期间，军队的装备发展，一直是悬在我心里的重大问题。”
主持军委日常工作后，刘华清始终把发展高新技术，用最先进、最现代化的武器装备武装军队，作为军队装备建设的指导方针。他始终高度重视军事科研队伍建设，不失时机地部署军事装备的科研任务和目标，同时十分注意学习、借鉴发达国家先进的科学技术。为了开展与苏联的军事合作，刘华清于1990年5月31日至6月14日率军事代表团访问了苏联，并与苏联政府签订了《中华人民共和国政府和苏维埃社会主义共和国联盟政府关于军事技术合作的协定》、《中苏政府间军事技术合作混合委员会第一次会议纪要》等文件，为新形势下军事技术引进奠定了基础。1991年12月苏联解体后，俄罗斯继承了苏联的大部分遗产，也承担了一切条约、债务方面的全部责任。中苏原先议定的合作项目俄罗斯不仅依约履行，还逐步扩大了合作项目。实践证明，与俄罗斯的军事技术合作，对中国军队的武器装备更新和军事技术发展，发挥了重要作用。
1991年前后，苏联解体、东欧剧变，给中国人民造成了巨大的心理冲击，军队官兵中也有不小的反应。刘华清按照中央的战略部署和江泽民主席总的要求，从抓党的建设入手，加强官兵思想政治工作，使全军部队始终保持思想稳定和高昂的战斗精神。邓小平对刘华清在这期间的工作给予充分肯定，认为他几个方面的工作，措施方法得力、对头，是成功、有效的。
中共十四大召开前，邓小平就军委人事安排问题给政治局写了一封信
邓小平从军委主席职务上退下来后，仍然密切关注着国家改革开放的方向，关注着国家政治、经济的发展，关注着中国的社会稳定和长治久安。正是从这个意义上，他异常重视军队上层人事调整，重视部队建设。为此，中共十四大召开之前的1992年10月6日，邓小平给中央政治局写了一封信，集中谈了自己对中央军委工作的想法和关于人事安排的建议。
