刘华清“古稀之年又换上了绿军装”。由于海军司令员人选一时没确定，他依然负责海军的全面工作，直至翌年1月14日副司令员张连忠任海军司令员的命令下达后，才离开海军正式到军委上班。
调整后的军委班子，工作格局较过去有了较大改变。军委日常工作由杨尚昆、洪学智和刘华清三个人研究处理，对各总部、各军兵种起领导作用。两位副秘书长也可以主持开会，研究工作，听取各方面的意见，起协调三总部的作用。
此时，中国实行改革开放政策已近十年。军队改革工作虽取得了明显的成绩，但由于历史积累问题较多，加之受各方面条件的制约，面临的困难和问题仍不少。谈到恢复军衔制，重新评授军衔时，邓小平曾这样说：“这是个得罪人的事情。我来得罪吧，不把这个矛盾交给新的军委主席。”“我们不解决这个问题，是交不了账的。这就是说，我们这些在部队生活了几十年的人，对部队是不好交代的。这是第一件大事。”其实何止军衔问题，体制编制调整、干部工作和人事制度改革等许多问题，处理起来都非常棘手。
刘华清了解部队实际，理解邓小平的想法。到军委工作甫始，他便做了大量调查研究工作，在掌握全面情况的基础上，与洪学智一起，组织各大单位对军委《关于加快和深化军队改革的工作纲要》草案进行论证、调整，为部队深化改革、加快现代化建设步伐作出部署。继而，在邓小平等军委首长的领导下，抓了《中国人民解放军文职干部暂行条例》、《中华人民共和国中央军事委员会关于授予军队离休干部中国人民解放军功勋荣誉章的规定》、《中国人民解放军军官军衔条例(草案)》等一系列法规文件的贯彻落实，使军队干部管理工作开始走上规范化、制度化的轨道。
邓小平对江泽民等政治局常委说：选刘华清当军委副主席，恐怕比只看资格好
1989年11月6日，中共十三届五中全会在北京召开。刘华清以中顾委委员的身份列席了会议。
会议开幕的当天，印发了军委主席邓小平9月4日与中央政治局常委江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环以及杨尚昆、万里等同志的谈话要点。中心内容是：邓小平主动提出辞去中央军委主席职务;提名江泽民任军委主席，杨尚昆兼任副主席，刘华清任副主席，杨白冰任军委秘书长。
要点稿基本上是记录整理的邓小平的原话。邓小平说：“党要管军队，因为军队始终是党的。”“军队是党的军队，当然也是国家的军队。”“我们军队要成为一个听党的话的军队。我们的传统是军队不能搞集团，不能搞小圈子，不能权力集中在几个人身上，军队任何时候都要听中央的话，听党的话，选人也是要选听党的话的人。军队不能打自己的旗帜，所以，既然变动军委主席，也要考虑军委组成人员和工作机构问题，连同我的问题一同解决比较好。我提议江泽民当军委主席。江泽民同志过去与军队联系少一些，但也不是没有联系，他当主席比较顺。”
关于军委以后的工作，邓小平说：“主席要有助手，就是副主席、秘书长。有两三个助手，他这个主席就好当了。有事可以找人办，否则什么事情都要主席出面那受不了。军队工作也是很多的呀!尚昆这届不退，现在一下变动太多不好，稳定军队是很重要的。刘华清当副主席，杨白冰当秘书长。刘华清身体好，知识面比较宽，解放后一直搞国防工业，搞科技装备，在苏联还学了几年。他懂科学，搞卫星、导弹都参加过，是荣臻同志的主要助手。选这么个人当军委副主席，恐怕比只看资格好。我们军队中老干部四方面军的占大多数，这个副主席要是四方面军的。刘华清是四方面军的，某种程度上说是比较年轻力壮一点的，身体好，是能听党的话的。当然，听党的话的人多得很，但是他几个条件都具备，我比较倾向这次加一个副主席，搞一个新秘书长，作为泽民同志的主要助手。”
