因革命观不同而出现摩擦
与此同时，帮助中共召开“一大”的共产国际代表马林，在考察了国共两党的情况后，提出了一个别出心裁的方针：刚刚成立的只有几十名知识分子成员的共产党集体加入国民党，企望一面挽救国民党，并使其走上正确的革命道路;一面使共产党借国民党的历史影响和全国机构迅速壮大起来。
孙中山是热情欢迎共产党加入国民党的，认为这是给国民党输送“新鲜血液”，拯救国民党。他还请马林和陈独秀拟订改组国民党的方案。方案中安排了多位共产党人担任国民党中央委员和几个部委的领导人。马林和陈独秀还致信孙中山，望其放弃传统的依靠军阀倒军阀的方针，而要全心全意依靠工农大众。
但是，孙中山还是坚持原来的革命路线。孙认为北京政府是由反革命武装支撑的，必须由革命武装才能推翻。而当时有武装的是地方军阀，外国资本主义国家不但有武装，而且有购买武器的钱。所以，他依然执行不反帝和依靠地方及在野军阀的方针。
这是两种革命观的矛盾。孙中山重视革命武装，符合“革命的武装反对反革命武装”的中国革命特色。马、陈主张西方和俄国革命模式，平时不做武装斗争而只做群众工作，政权危机到来时，再进行武装夺取政权的革命。
为此，马林和陈独秀接连在中共机关报上公开批评孙中山的错误。于是孙中山屡次对马林说：“共产党既加入国民党，便应该服从党纪，不应该公开批评国民党，共产党不服从国民党，我便要开除他们;若苏俄袒护中国共产党，我便要反对苏俄。”
就这样，实为“国苏合作”的共产国际与国民党的关系以及服从于这个合作的“国共合作”，出现了僵持局面。
与鲍罗庭的“蜜月”时期
由于列宁病重，斯大林主持苏共中央。斯大林对马林和共产国际在中国的工作极为不满。共产国际奉命停止了马林在中国的活动经费和生活费，逼迫马林离开了中国。
