飞行控制系统由GEC一马可尼公司和德国航宇公司联合研制，采用了四余度全权限数字式主动控制技术。该系统，加上任务自适应布局，可根据所执行任务的不同，对气动力面作不同的调整。飞机采用俯仰不安定设计，通过主动控制飞控系统，可实现飞行员“无顾虑操纵”，有效衰减阵风的影响，在整个飞行包线内保持良好的持续机动性。俯仰操纵和滚转操纵通过鸭翼和襟副翼实现，主动控制飞控系统可提供人工纵向稳定性，用方向舵作偏航控制，无手动备份。此外，机上采用了STANAO3838北约组织的标准数据总线。
EF2000的航空电子系统由英国航宇公司负责发展和综合，主要传感部件是GEC-费伦弟公司的ECR90多模态脉冲多普勒雷达，在I/ J波段可全天候工作，具有上、下视和边扫描边跟踪能力。在英国和意大利使用的飞机上，装一套十分先进的综合防御设备子系统（DASS）。它能自动观察和侦听敌方的攻击信息，随后自动实施对抗措施。全套DASS由雷达告警接收机、翼尖主动电子干扰舱、激光告警接收机、导弹靠近告警装置和拖曳式诱饵等组成，与综合防御计算机（DAC）连接。DASS是被动式的，只有发现成胁时才会自动作出反府。从综合防御设备子系统获得威胁信息，经计算机分析处理，然后把相应的警报和机动信息显示在乎显仪上。为了减轻飞行员的工作负担，计算机可以 选择和实施最佳对抗措施，自动进行干扰。为了节省费用，德国飞机只要求装备雷达警告接收机和导弹靠近告警装置。
