航电系统
M－346的各种机载航电设备通过双冗余的MIL－STD－1553B数据总线相连接，配备两套互为备份的核心处理器，并为将来航电设备的升级预留了接口。其通讯系统包括甚高频，超高频(VHF/UHF)接收机和一套数字式敌我识别系统；其导航系统包括一套激光陀螺仪惯性导航系统，内含全球定位系统接收机和雷达高度计，一套传统的战术空中导航系统(TACAN)以及甚高频全向信标(VOR/IIS/MB)。
M－346采用全权数字四余度飞行控制系统，其纵向静稳定度被放宽到5%，这不仅使得M－346机动性极佳，而且可以使飞行员在空中实现“无忧虑操作”，以防止飞机过载、迎角和飞行速度超过安全限制。另外它的自动恢复功能可使飞机在任何异常飞行状态时恢复定常平飞状态。
M－346的两个座舱都配有3个彩色液晶多功能显示器和1个平视显示器，其座舱视野良好，其前座飞行员的平视视角为+10度～－16度，而后座飞行员的平视视野为+15度～－6度，方便飞行员了解飞机状态并感知战场态势，将来M－346还准备装备拥有夜视功能的先进的头盔显示器(HMD)，其驾驶杆独特的设计可使飞行员实现“手不离杆操作”(HOTAS)。其座舱可选择配备英国的马丁‘贝克公司的Mkl6弹射座椅，或者俄罗斯的K－93“零－零”弹射座椅。
发动机
M－346装备两台霍尼韦尔公司提供的F124－GA－200涡轮风扇发动机，该发动机采用模块化设计，结构紧凑，其全机由7大模块组成，最大直径仅为0.955米；装备了双通道全权数字式发动机控制系统(FADEC)，降低了飞行员的工作负担，并配备有故障自动监视系统，便于地勤人员维护。该发动机的涵道比为0.47，总压比为19.5，涡前温度1366℃，全重526.1千克，推重比为5.5。
F124－GA－200发动机没有加力燃烧室，其耗油率极低，阿莱尼亚·马基公司的研究表明，为M－346这样的高亚音速教练机装备无加力燃烧室的发动机可以有效地提高飞机的安全性，并降低采购和操作成本。另外，装无加力燃烧室发动机的M－346在大部分飞行包线范围内(例如马赫数0.6以下/飞行高度4500米以下的飞行包线范围)的性能超过了普通的战斗机。霍尼韦尔公司近期的目标是通过改进高压涡轮的方式使得F124－GA－200的推力提高1.33千牛，而远期的目标则是为该发动机更换先进的二级风扇，使得其推力提高4.45千牛，即使得F124－GA－200的最大推力达到33.34千牛。
