11月,盟总又发布了关于靖国神社的新指令,指出靖国神社是军国主义神社,不承认将国有土地转让给神社,靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月,盟总批准了土地转让事宜,靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体,但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有撤除。
随着1952年美军占领时代的结束,各种祭拜靖国神社的活动相继“死灰复燃”。靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的政治舞台。