战争结束，吴三桂坐镇云南，兼管贵州。康熙十二年，清廷下令撤藩，吴三桂遂起兵反清。由于不得人心，节节败退，成功无望，遂于康熙十七年三月，在衡州(今湖南衡阳)宣布即皇帝位，国号大周，年号“昭武”。之后不到半年，即于八月十八日病死。
吴军担心三桂之死会使士气更加低落，迟至十月，才公开死讯。胡国柱等心腹将吴三桂遗体秘密运至贵阳。受遗命即位的其孙吴世璠到贵州迎接。给吴三桂上尊号为“太祖高皇帝”的仪式草草结束后，吴世璠即携祖父遗体，匆匆赶回昆明。
这时，清军已在各条战线展开反攻，吴世璠不敢公开举行隆重葬礼，不得已而秘密安葬吴三桂。据说，只有其岳父郭壮图等极少数人知道葬地。
康熙二十年十月，昆明终被攻破。清军入城后，全力寻找吴三桂坟墓，准备开棺戮尸示众。数日间找到多处，结果均系伪墓。后来得一消息：吴三桂已被火化，骨灰匣藏在安福园石桥水底下。果然在桥下找到骨匣，即刻送往北京。康熙帝不辨真伪，即命将“逆贼吴三桂骸骨分发各省”(《清圣祖实录》)示众。
奇怪的是，清军入城后，陈圆圆踪影皆无。朝廷对她没那么看重，既然找不到，也就算了。事后，却传出几种说法。一说清军破城前，圆圆已死数年;一说在吴三桂去世前后，圆圆投池自尽;一说城破前圆圆与“伪后”郭氏俱自缢身亡。还有一说，明指圆圆出家为尼以避战祸。这其中，最笼统的说法是“不知所终”……
陈圆圆之死成了清史之谜，经历了漫长岁月的沉寂后，终于等来了解秘的机会。2010年6月，从贵州黔东南州委宣传部传来一个惊人消息：在该州岑巩县马家寨发现陈圆圆之墓，而吴三桂的后裔就定居在这个寨子里。百闻不如一见，李治亭(吉林省社科院历史所)、徐凯(北京大学历史系)、滕绍箴(中国社科院民族所)、李世愉(中国社科院历史所)、王政尧(中国人民大学清史所)等五位专家，应邀前往实地考察。
