一年之期快到了，工部的官员因册立大典需要花销，就编制了预算，呈请皇帝阅览，万历看后，写下的朱批让群臣惊愕，他写到由于廷臣违背了当初的约定，决定把册立太子一事再延后。群臣们深感不安，觉得是万历缺乏诚意，廷臣联署上书，要求万历兑现承诺。万历看后极为震怒，大学士申时行明了皇帝的心意，写了揭帖给万历，声称自己支持皇帝，列上名字只因为受到群臣的胁迫。未想这个揭帖被大学士许国截获，并让在京的群臣传阅。大臣群起弹劾大学士申时行，骂他是一个两面派，既出卖朋友又迷惑君主。
皇帝与群臣几个来回的博弈之后，也不得不让申时行辞职，向群臣们妥协。
最后，虽然万历册立了朱常洛为太子，但是自己也30年不上朝，为明代的灭亡奠定了基础。而最为嘲讽的是，群臣着力培养的朱常洛却“退朝内宴，以女乐承应”，“一生二旦，俱御幸焉”，最后纵欲而亡。
显然，在明代帝制之下，帝位的继承，最高权力的传递，关乎着一个国家兴亡。在万历一朝，却因为群臣抱持着自己的一套政治理念，抱守着一套僵化的意识形态(礼制)而带了整个帝国的危机。而另一方面，这场危机的后续反应在50年后还将继续上演。
南明诸皇帝自立：权力一元化彻底失败
1644年，明代政权的危机因农民起义、满洲崛起而进一步加剧了。这一年的春天，李自成攻入北京，建立大顺政权。四月，李自成与满洲清军对决于山海关失利败走西安。
在李自成攻克北京之时，崇祯皇帝即上吊而亡。虽然北京政权已失去，但是明朝册封在各地的藩王并没有立即败亡，而是在各自的地方上自立为皇帝，尤其是南方诸地的藩王，当然他们大部分人都没有要恢复明朝疆土的想法，只是天下已乱，要树一个旗帜，确立自己的合法性，但也正因为如此，反而导致了南方各藩王内部的争斗，加速了自身的灭亡。下面仅举几例以说明之。
由于南京在明成祖朱棣干掉自己的侄子建帝后，迁都北京后，依然在南京保留了一个六部。崇祯死后，南京六部自然成了权力中心，但是谁来继承皇位成为皇帝，又引发了内部长久的斗争。在南京附近，有福王、桂王、惠王，按照礼制因拥戴福王，在南京的官员也达成了拥戴福王的共识，但是握有实权的儒生史可法，受东林党人的影响，担心福王继位后，会对他们进行清洗。因为福王的祖母就是万历宠信的郑贵妃，当然反对册立郑贵妃的儿子为太子的，主要就是东林党人，故而他们主张立桂王。
此时，福王绕开南京的争议，直接去争取了握有兵权的马士英的支持，马率领所属全部将领拥立福王，让南京的官员不得不接受这一事实。福王继位，建立弘光政权，即刻就招马士英入南京加以重用，而史可法等人则遭到嫌弃，不得不出镇扬州。在面对来自清军的军事威胁面前，弘光一朝始终打击不拥立福王的臣子，内部分裂严重，不久就招致覆亡的命运。
继弘光政权之后，江南又出现了几个新的政权，唐王见桂王投降后，离开杭州前往福州，得到群臣拥戴而自称为监国(临时管理国政之义)，建立了隆武政权。同时，鲁王也在浙东监国。这在南方就同时产生了两个监国，谁的政令具有效力就成为了问题，因隆武政权势大，而鲁王只占有地方一隅之地，唐王就派使希望鲁王取消监国，但被鲁王拒绝，之后隆武帝派人带10万两白银到浙东犒赏军队，也被鲁王部将杀害，洪武帝也杀害了鲁王派来的使臣，
双方内斗剧烈，自然也免不了被清军消灭的命运。崇祯自缢后，南方士人、军人和藩王显然已经无法维持原来权力一元化的局面了，各自为政、各自自立成了普遍的趋势，自然也会相互制肘，削弱自身内部的力量，最终走向崩溃和灭亡。明代最高权力更迭的危机以自己的覆亡而终结了。