对于林毅夫案，叶耀鹏先前受访指出，林毅夫案围绕在“追诉权”的问题上，追诉权本来就是一种人权的设计，为何追诉权要有时效，是因为任何人做错事、犯了罪，你不能让那种持续不稳定的状态一直持续下去，所以就会有时效制度的设计，这个就是保护人权。
“监委”叶耀鹏、赵昌平2009年间曾纠正台防务主管部门。当时纠正案文认为，台防务主管部门对林毅夫案多年来采淡化消极处理态度，且对“叛逃人员”的法律适用问题，仍未定论，伤害台军威信并影响当事人权益。
纠正案文也说，台防务主管部门军法司2002年研处意见指出，林毅夫叛逃事件都已罹于追诉权时效，无法再对其追诉。但台防务主管部门“高等军事法院检察署”却以“继续犯”侦办，而未适用最有利于行为人的法律。
