据台湾《中国时报》报道，林毅夫所涉的投敌罪究竟属“既成犯”或“继续犯”迭有争议，直接影响追诉时效是否完成。台湾防务部门坚持投敌罪没模糊空间，民间司改会则呼吁“检察总长”黄世铭统一法律见解。
台湾政治大学法律系副教授杨云骅认为，将法律争议丢给一个高分检检察官扛责任并不公平，“检察总长”应出面召开会议定调;以人权角度来说，放任法律争议悬而未决，对林毅夫也是种人权侵害。
司改会执行长高荣志表示，投敌罪是“既成犯”或“继续犯”向来存有争议，但争议并不会随案件从军事院检转到普通院检而改变，尚难断言林毅夫将因此获利解套;但解决法律意见歧异、统一标准，“检察总长”责无旁贷。
但台防务部门军事发言人罗绍和表示，林毅夫犯的是投敌罪，牵涉军人对台湾忠诚的核心价值，在处理上不容有丝毫模糊的空间。
他强调，军方仍对林毅夫以“继续犯”视之，要求持续通缉。他说，“军方期待一般法院的看法能和军方一致，未来若有不一样的判决，只能表达‘遗憾’。”
