1949年2月19日，根据全军统一编制序列番号的命令，第八纵队改称中国人民解放军第六十军，王新亭任军长兼政治委员，张祖谅任副军长兼参谋长，周仲英任副政委，桂绍彬任政治部主任。下辖第一七八师、第一七九师、第一八○师。六十军归十八兵团建制。王新亭成了人民解放军六十军的首任军长和首任政委。
1949年4月20日，中央军委命令部队总攻太原。王新亭率六十军和兄弟部队一起，在4月24日一举攻下太原城，4月25日，对外宣布太原解放。
新中国成立后，王新亭历任十八兵团副司令员兼副政委，西南军区副政委兼政治部主任，济南军区代司令员兼第二政委，军事科学院副政委兼政治部主任。1955年被授予上将军衔。1963年9月至1972年10月，王新亭任人民解放军总参谋部副总参谋长。1966年3月至1969年4月，兼任中央军委副秘书长。1972年11月至1975年8月，王新亭任军事科学院政治委员。1975年8月至1982年12月，王新亭为军事科学院顾问。1984年12月11日，王新亭因病医治无效，在北京逝世。