首次上海之行令李大钊的心情久久难以平复，“益感再造中国之不可缓”。然而，正当李大钊在上海积极联络讨袁之事时，早稻田大学竟以“长期欠席”为由，将他除名。当时的早稻田是一所政治倾向十分保守的学校。企图灭亡中国的“二十一条”就是该校创始人大隈重信在第二次出任首相期间提出的。李大钊作为留日学生总会的骨干成员，其激烈抨击日本帝国主义的言行自然不会为校方所宽容。因此李大钊被开除学籍，“欠席”不过是个借口。
对于早稻田大学的这一决定，李大钊并未感突然，他索性就此中断学业，全力投身于反对袁世凯独裁卖国行径的活动之中。1916年5月中旬，他由东瀛归国，暂留上海。此间，李大钊仍时刻筹划着反袁大计。他在给好友霍例白的信中说：“传闻袁氏备战甚急，此则雌雄之决，仍非出于一战不可也。”6月6日，袁世凯在全国人民的唾骂声中一命呜呼。消息传来，李大钊欣喜至极。7月11日，他应邀北上，担任北京《晨钟报》主编，大力宣传民主主义思想。
袁世凯政府虽已倒台，但在北洋军阀的统治之下，华夏大地依旧暗无天日。1917年6月，张勋借“调停”大总统黎元洪与国务总理段祺瑞之间的争端为名，率“辫子军”进京。未几，张勋撵走黎元洪，宣布拥立前清末代皇帝溥仪复辟。一时间，黄龙旗取代了五色旗，前清的王公贵族、遗老遗少们拖着真真假假的大辫子招摇过市。就在张勋复辟的当日，李大钊仓促离京，避走上海。
与前两次莅沪时的心情有所不同，第三次来到上海以后，李大钊完全陷入困惑和迷茫之中。虽说食宿无忧，但回想起自己辛亥革命以来的所言所行，身处浦江之畔的李大钊百感交集。他一心为国为民不辞劳苦，却不想到头来落得个“国变日……仓黄出京”的结果。“南来栖迟沪，渎日无聊赖。幸有投止之所，不至漂泊旅馆，惟以读书自用，尚足告慰耳。返至于发表言论，今已全非其时，即有所欲言，亦无正当之言论机关供吾发表。”在致信北京友人李泰棻时，李大钊发出如此感慨。
“长夜漫漫何时旦?”辛亥革命虽然推翻了延续数千年的封建帝制，但不曾想由于革命的不彻底，却令中国掉入军阀混战的泥淖，中华民族仍然在水深火热中挣扎呻吟。这一次李大钊居沪数月，大部分时间都在思索、总结过去革命“流产胎殇”的经验与教训。其间，他还两度前往南京，会晤好友白坚武，并在白的引荐下，同江苏督军李纯会面多次。双方还商妥赴日考察事宜，后因故取消。11月初，李大钊返京。
