F/A-18E/F可以携带多种战术吊舱。其中包括雷神公司新研制的ATFLIR先进前视红外吊舱。该吊舱采用第三代的红外凝视焦平面成像技术，可以提供导航、目标指示功能，并配备有激光目标指示器。海军还在1999年开始为双座型的F/A-18F开发共享侦察吊舱(SHARP)，希望用装备这种吊舱的F/A-18F来取代目前装备TARPS的F-14飞机，使之具备战术侦察能力。该系统使用光电和红外传感器，允许F/A-18F在斜向距离83KM的距离上搜集图像，并通过数据链传输给地面。该吊舱还可以接受APG73雷达的合成孔径数据。
经过各方面的改进，F/A-18E/F的作战能力有了较大的提高。改进后的飞机机动性基本保持不变，9000米以上的爬升和加速能力稍有下降。最大过载从9G降低到7G，可能会降低瞬间盘旋能力，但是只要保持足够的敏捷性，配合上头盔显示器和大离轴发射的AIM9X导弹，近距空战性能不会受到影响现在。
现在的空战中超视距空战的重要性越来越明显。从上面的介绍可以看出，F/A-18E/F具有先进的雷达和电子战系统，优良的人机工程，并具备一定的隐身能力，配合AIM120导弹，超视距作战能力在第三代战斗机中应该是比较强的。如果换装主动相控阵雷达，这一能力还会进一步增强。它在执行攻击任务的时候也可以携带AIM120导弹，遇到空中威胁时可以依靠超视距攻击来自卫。
F/A-18E/F所装备的APG73雷达具有良好的对地探测功能。配合雷达高度表、GPS导航系统和数字化地图，可以低空高速突防;也可以远距离发射防区外对地攻击导弹以降低作战的危险性。它所装备的ATFLIR先进前视红外吊舱使飞机可以在夜间超低空突防。
