党中央和毛泽东对于西北错误“肃反”问题的处理是及时、果断的，也是慎重、严肃的。11月2日，毛泽东来到下寺湾，3日，在下寺湾召开了中共中央政治局常委会议。会议听取了中共陕甘晋省委副书记郭洪涛、西北军委主席聂洪钧关于西北苏区、西北红军、“肃反”及劳山、榆林桥战役情况的汇报。会议决定成立以董必武为主任，李维汉、张云逸、王首道、郭洪涛为委员的党务委员会，审查西北错误“肃反”事件。
同日，党中央又召开政治局会议，决定建立西北革命军事委员会，主席毛泽东，副主席周恩来、彭德怀，成员有王稼祥、林彪、程子华、徐海东、聂洪钧、郭洪涛等；成立中共西北中央局，书记张闻天；成立中华苏维埃共和国临时中央政府西北办事处，主席秦邦宪。会议还决定中央领导人分两部分行动，毛泽东、周恩来和彭德怀率红一方面军南下同红十五军团会合，迎战第三次“围剿”苏区的敌人；张闻天等率领中央机关北上瓦窑堡。
党中央对西北根据地的领导机构组建后，11月5日，中共中央又召开常委会议，决定撤销中共陕甘晋省委，建立陕甘、陕北两个省委和关中、神府、三边三个特区。中共陕甘省委书记朱理治、副书记李富春，省苏维埃政府主席王生玉，机关驻地下寺湾；中共陕北省委书记郭洪涛，省苏维埃政府主席马明方，机关驻地瓦窑堡；中共关中特委书记贾拓夫，苏维埃政府主席秦善秀；中共神府特委书记杨和亭，苏维埃政府主席乔钟灵；中共三边特委书记谢维俊（后因谢维俊被叛匪杀害，特委未建立）。两个省委和三个特区统归中共西北中央局和西北办事处领导。
11月7日，张闻天率领中共中央机关到达瓦窑堡，受到了当地机关干部、部队和群众的热烈欢迎。下午，中央党务委员会即下令释放了刘志丹、高岗、习仲勋等因西北错误“肃反”而被关押的100多人。
11月18日，毛泽东同周恩来、彭德怀致电张闻天、秦邦宪，请他们详细考察陕北苏区“肃反”中的问题，指出：错捕有一批人，定系事实。
