8月23日，根据中共中央的指示，由红一军团和红三军团正式组建了中国工农红军第一方面军。从此军团参谋长兼红五军军长的邓萍率领部队在毛泽东、朱德的统一领导下，战斗在中央革命根据地。
9月，邓萍指挥红五军参加方面等2次进攻长沙的战斗。尔后，邓萍协助彭德怀、滕代远指挥红三军团攻占袁州、峡江等地，策应红1军团攻克吉安。不久，邓萍率领红五军随军团东渡赣江，开赴永丰以南的小布，参加了中央革命根据地第一次反“围剿”作战。
从1931年1月至3月中旬，邓萍率领红五军分别在东韶和南丰的新丰圩、东平圩多次歼敌。在频繁转战中，邓萍拖着负过重伤的身子，奔走前沿阵地，出入枪林弹雨，为反“围剿”斗争的胜利作出了积极的努力。
1931年5月，邓萍参与指挥了以弱胜强、15天击败敌军20万的大会战，为粉碎敌人对中央革命根据地的第二次“围剿”立下战功。
当战争进入大规模反“围剿”作战时期，战争发生着许多重大变化，随着战争的发展和红军的扩大，加强干部培养机构的建设，迫切地摆在了方面军建设的议事日程。
10月的一天，朱德、毛泽东在江西宁都小丰方面军总部召见了红三军团参谋长兼红五军军长邓萍和红八军军长何长工，谈创办红军学校的事。毛泽东说：北伐时期有个黄埔，我们现在要办一个“红埔”，新旧军阀都懂得有权必有军，有军必治校这个道理。我们是人民的军队，虽有人民的支持和参加，但为战胜敌人，也需要办校、治军、学习战略战术，培养自己的建军人才。