邓萍协助彭德怀指挥红三军团担任右路前卫，掩护中共中央机关和红一方面军主力突围。蒋介石在湖南境内调兵遣将，设置了4道封锁线，进行堵截和围歼。
为粉碎敌人的堵截和围追，担任右路前卫的红三军团同敌人展开了浴血奋战，身为军团参谋长的邓萍，深入前沿，哪里有危险就出现在哪里，和广大红军战士一起冲锋陷阵，终于连续打破了敌人的4道封锁，掩护了中共中央和红军主力顺利转移。
在突破国民党第2、第3道封锁线时，红三军团广大指战员，英勇善战、勇往直前，受到中央军委的表彰。11月11日中央军委曾致电各军团首长，赞许“三军团首长及三军团全体指战员在突破汝城及宜郴两封锁线时之英勇与模范的战斗动作”。
但由于敌人的强大和红军的仓促应战，致使红一方面军付出了沉重的代价。部队渡过湘江后不久，为避开敌击大军的锋芒，邓萍等率领部队转至贵州境内。
1935年1月15日，中共中央政治局在贵州省遵义城召开了扩大会议，重点总结了第五次反“围剿”失败的教训，集中批判和纠正了“左倾”冒险主义在军事指挥上的错误，重新肯定了毛泽东正确的战略方针和作战原则，会议增选毛泽东为中央政治局常委，确立了毛泽东在中共中央和红军中的领导地位。
遵义会议的精神立即传达到广大红军指战员中，当邓萍听说毛泽东重新回到红军领导岗位上时，从内心感到欣慰和喜悦。