之后，基于邓萍在军事参谋工作方面和部队政治工作方面都有着较高的水平和丰富的经验，受中共中央委托和何长工一起开始了创办红军学校的筹备工作。
根据毛泽东的倡议，由闽西红军学校和一、三军团的2个随营学校合并组成了“红埔”，于10月25日在江西瑞金正式成立，当时定名为中央军事政治学校。邓萍出任训练部部长。
五、艰难百战血洒遵义
由于战争发展的需要，在大规模反“围剿”时期，红一方面军的部队编制多次进行了调整，1932年3月，中央军委决定重新调整部队编制。第五军、第七军、第十四军编为红三军团，根据军委命令，邓萍又重新出任红三军团参谋长兼第五军军长职务。
尔后，邓萍率领红五军随军团部编为右路军挥师赣南、上犹、崇义地区，先后攻克城口、文英，并以一部攻占了桂东、汝城，扩大了湘赣革命根据地。
8月指挥红五军北上参加了攻打乐安战斗。10月，率领红五军在红三军团建制内参加了建(宁)黎(川)泰(宁)战役，攻克黎川。
1933年，邓萍随红三军团参加了第四次反“围剿”作战。这时，由于中共临时中央提出了红一方面军主力实行分离作战的方针，企图在两个战略方向上同时取胜，以实现革命在江西的首先胜利，便将红一方面军第一、第三军团分成两路军，深入到福建作战。