随后“巴伐利亚”号在第4艇队的一圈鱼雷艇的保护下在登陆地点附近海域低速游弋，随时准备射击复活的俄军岸炮连，不过由于德军地面部队很快占领并摧毁了俄炮兵阵地，“巴伐利亚”号于17时下锚，德国一战期间最强的战列舰的第一次实战，实际上就这么不疼不痒的结束了。
10月12日下午，施密特中将接到情报通告，称破译的俄海军电报表面，4条俄国潜艇于13时从汉科基地出港了。鉴于登陆已经完成，继续把战列舰队留在狭窄的赫塔格拉湾海域是危险的，施密特决定除“边境总督”号开往普希格维克外，其余各主力舰向基尔港返航。
16时30分，“巴伐利亚”号和“大选帝侯”号随第3中队一道起锚开航返回基尔。编队航速不超过10节以便“巴伐利亚”号能跟上纵队。18时20分，“巴伐利亚”号以11节的航速赶上编队，但是很快发现从舷外破口传来的浪涌压力作用在干-湿舱室的横隔壁上，导致横隔壁变形，裂口增大，舰内进水有无法控制的威胁。“巴伐利亚”号马上减速，并最终于20时停伡以减少进水。伦贝克中将不敢冒险，命令“巴伐利亚”号在“王储”号和3艘鱼雷艇的掩护下低速返回比较安全的赫塔格拉湾。10时30分，施密特中将又派遣了半个第3艇队的轻型舰艇前来增援。“巴伐利亚”号以4节的航速蹒跚而行，到13日凌晨1时30分才抵达赫塔格拉湾入口，然后又不得不停航对漏水隔板进行修补。5时30分，“巴伐利亚”再次起航，以最低舵效航速开进赫塔格拉湾，鱼雷艇排成一圈在战列舰外围作为反潜屏障。早上9时30分，“巴伐利亚”终于驶抵有反潜网防卫的赫塔格拉湾中部海域，随机停伡开始进行紧急抢修。从其他舰艇上增援了人手和损管器材。舰员在进水舱室外围的横隔板后安装了三角撑杆，以增加隔壁的抗压能力，用木楔子封死了一些漏洞。期间德国海军一直在为子虚乌有的俄国潜艇担惊受怕。直到10月17日，留在赫塔格拉湾内继续作业的德国扫雷艇在“巴伐利亚”触雷附近海域发现了残存的锚雷锚链，这才确认“巴伐利亚”是被水雷炸伤的。
由于赫塔格拉湾没有能停泊“巴伐利亚”号的码头，受伤的德国战列舰不得不锚泊在海上进行抢修。横隔板的变形鼓出量达20毫米，若果这道隔板崩溃，进水将再扩大1~2个舱。艏艉吃水分别为11和2米，纵倾约1.2度，进水约1500吨。除应急照明电缆外，其余穿过破损舱室隔壁的电缆全部割断，用水泥将隔壁上的电缆套管、水管、传令筒和通风管等全部封死，漏水的孔洞和松开的螺栓孔用包着橡胶皮的木楔子钉死，潜水员潜入水下用窄木条和橡胶密封条塞进开裂的各隔板铆接接头将其封住。艰难的工作持续了2个星期，直至专家判断“巴伐利亚”能够适应返航的海情，修补工作才告结束。10月27日海上风平浪静，天气预报估计接下来会有一阵好天气，这天“巴伐利亚”号在“腓特烈大帝”号战列舰和“科尼斯堡”号轻巡洋舰的护卫下，在S-92、S-64、S-61、S-63、S-74号驱逐舰组成的环形反潜屏卫中向基尔返航。下午15:00，“巴伐利亚”号缓缓起航了，由于担心隔板耐不住高速下的水压，编队只能以9节的航速前进，20个小时后因海上刮起西南风又降低到7节，随后又减速到6节。大风卷着浪头不断碰击军舰的左舷，此前以及被抽干的舱室又开始进水，水线下进水又恢复到1000吨左右。28日凌晨2时左右，舰长罗哈德上校认为与其在风浪中蹒跚不前慢慢进水，还不如冒险加速驶出大浪区。他对横隔板的加强报有充分信心，命令加速到10节，后来提升到13节航速，到10月31号上午9时45分，“巴伐利亚”号终于完成了这一段艰难的航程返回基尔港，于11月3日开进干船坞维修。
12月27日，“巴伐利亚”号修复重新入役，此时距大战结束只有不到一年的时间了。
1916年10月13日，“巴登”号开始进行交接后的第一次试航，直到11月5日才完成全部试航任务。次年3月14日，“巴登”号编入公海舰队，并接替“腓特烈大帝”号担任舰队的总旗舰。10月5-16日间，为防御英军对赫尔戈兰半岛的袭扰，“巴登”和没有参加赫塔格拉湾行动的军舰一起在近海执行巡逻任务。除此之外，就是和包括“巴伐利亚”号在内的其他德国战列舰在但泽附近的波罗的海安全海域进行航行和战术训练。5月24日，“巴登”号再次驶往赫尔格兰，并接受了舍尔上将和腓特烈•冯•巴登大公爵的登舰访问。
1918年4月23日凌晨5时，德国海军主力再次出港在挪威斯塔万格附近海域活动，试图拦截英国护航运输队。“巴伐利亚”号和“巴登”首次一道出航作战，新完工的“兴登堡”号战列巡洋舰也与德海军其余全部战巡倾巢出动。德舰队航渡途中，“毛奇”号又发生了轮机故障，一只螺旋桨脱落，舰体进水2000吨。下午2点，希佩尔的舰队抵达情报中描述的英国护航运输队的位置，却没有发现任何船只。这是由于英军已获知情报，一支护航队航线向北进行了调整，另一支干脆推迟到第2天再起航。舍尔见不能达成作战目的，只能于14时10分命令全舰队返回基地。这是德国公海舰队最后的一次大规模军事行动。此后随着德国陆军的节节失利，国内人民生活水平急剧下降，庞大的舰队只能看着几百吨的小潜艇兴风作浪，大批熟练军官和水兵被调往潜艇部队，水面舰艇的士气一落千丈，公海舰队的战斗精神迅速的垮掉了。
