1918年10月27日，在德意志第二帝国即将崩溃的前夕，已升任的德国海军总司令的舍尔上将签发命令，命令公海舰队主力由基尔港全体出动寻找英舰队主力决战，如不胜利便光荣的自沉，以保全海军的荣誉。由于当时军纪已十分涣散，各舰上的水兵很快就获知了本该保密的军令。“巴伐利亚”号、“国王”号和“边境总督”号等主力舰上的85名水兵聚集在一起，高声议论和平并表示反对出海送死。不满和反抗情绪在舰员中愈演愈烈。10月29日夜10点，也就是舰队预订出港前的2小时，已升任公海舰队司令官的希佩尔中将召开作战会议，“巴登“号舰长戈尼克斯•朗格曼上校指出他的舰上还有第3分队的下级人员均不服从命令，拒绝升火出港。后来还发生了支持出海和反对作战的水兵交火的事情，德国舰队实际上已出于失控状态。当局虽然收回了出港命令，但逮捕了约500名闹事水兵，直接诱发了震惊全德的基尔水兵起义。
11月3日，公海舰队的水兵走上基尔街头YX表威，抗议海军当局，要求释放被捕者。YX表威随后发展为武装起义，水兵们解除了军官的武装，迅速占领了战略要地，控制了全城。工人也举行武装起义响应，并建立了工兵代表苏维埃。至4日晚，基尔及附近郊区均为起义者占领。5日，基尔全城总BG支持水兵起义。基尔港水兵起义成为德国十一月革命爆发的信号，革命在全国迅速蔓延。到11月8日止，几乎所有的德国大城市中都发生了武装起义，建立了工兵代表苏维埃。此次起义是德国十一月革命的起点，同时也导致德国被迫宣布停战，第一次世界大战结束了。
包括“巴伐利亚”号在内74艘德国军舰被协约国扣压。这支舰队于11月19日根据停战协定由驶往英国斯卡帕湾，21日抵达锚地后锅炉熄火接受协约国的监督。英国海军发现德国“马肯森”号未建成后，又要求“巴登”号开往斯卡帕湾，该舰于1919年1月7日驶抵斯卡帕湾。
此时德国虽然已经宣布停战，但尚未与协约国签订最终和约。双方在凡尔赛的谈判十分艰难，德国人认为并没有输掉战争，把和谈看作是争取权利的最后机会，然而英国却不这样认为。最后，英国政府向德国政府下达最后通牒：要么6月21日晚上7点之前全盘接受，要么再次面临战争。此时的德国人决定屈服，但需要两天时间“体面的准备”。英方遂将最后期限推迟到23日晚7时。但没有人把谈判最新进展及时告诉在斯卡帕湾的舰队指挥官路德维希•冯•鲁特少将。看到当地英国报纸关于“停战谈判濒临破裂”和“可能恢复军事敌对”的报道使德国军官们以为双方的谈判已经破裂，敌对状态已经恢复，防止舰队落入敌人手中的唯一机会，只有在敌人行动之前自行将其凿沉。不甘让这些重型水面舰艇落入敌人手中的德国舰队官兵，事前就做好了沉船准备。有人拆掉了水密门，还有人在水密隔板上钻孔使各舱室连在一起以便加速进水。
英国海军并不是对德国舰队打算自沉的情况一无所知。6月13日，第一战列舰中队司令官费曼特将军就制定了万一谈判到期无法达成协议的情况下，于6月21日夜间强行夺取德国军舰的计划，并得到了大西洋舰队司令麦登上将的批准。后来两位将军获知谈判协议终止期限挪到了23日晚上9点，但是这个重要的时刻却没有人正式通知鲁特少将。同时英国第一战列舰中队计划了一次战列舰躲避鱼雷攻击的操练，需要一个好天气来发现漂在水上的操雷以便回收。6月20日夜间天气好转，费特曼遂率领舰队于21日清晨出航到外海进行演习。
港内只留下3艘维修中的德国小型驱逐舰。鲁特少将见状认为沉船已不再有阻碍，便于11：30从旗舰“腓特烈大帝号”发出“彩虹”密语电报，并于10分钟内重复了11次。除此之外还用手旗和探照灯向周围的舰艇不断下达命令。德国舰队一边升起海军旗一边打开通海阀，集体自沉开始了。
并排锚泊在一起的“巴伐利亚”号和“巴登”号也迅速开始行动。两舰舰员不仅打开了通海阀，还打开了鱼雷管前后盖、锅炉冷凝器海水进水阀和消防水管等，加快进水速度。“巴伐利亚”号于14：30向左舷倾斜沉没，而“巴登”号则被英国驱逐舰拖到浅水海域，坐底搁浅。
“巴伐利亚”号左舷朝下，侧躺在海床上。1924年，此前曾经打捞了很多沉船的考克斯和丹克斯公司从英国海军手里拿到了合同，开始打捞“巴伐利亚”。第一次行动因一条高压空气管意外超压破损而失败，海水重新涌入此前被排干的舱室，“巴伐利亚”号在上升过程中重新沉入海底，并且翻了个身，4个炮塔全部脱落，舰体倒扣在海床上。1933年9月1日，考克斯和丹克斯公司又花费了11万英镑最终将其舰体浮起。舰钟后来被交还给联邦德国海军，至今仍在博物馆里保存。