喀喇汗王朝对萨曼尼王朝的战争最终以失败结束，但在于阗的战争取得了胜利，于阗国都再次被占领，喀喇汗王朝征服了于阗全境。
这一次战败，给于阗佛教带来了毁灭性打击。于阗的佛教寺院被焚烧，佛像雕塑泥胎被毁坏，经卷文书散失殆尽，佛教僧侣大多被杀死，少数逃到了西藏和青海。于阗国从此被喀喇汗王朝兼并，不复存在了。
吞并了于阗国之后，喀喇汗王朝王朝从于阗人那里知道了宋王朝的富庶、强大，深知于阗与中原王朝的关系源远流长，于阗受汉文化的影响根深蒂固。所以，在占领于阗后，立即从于阗向宋朝派去了进人贡使团。喀喇汗王朝王朝的文字记载因此第一次出现在中国史书中。
从此，于阗国开始了伊斯兰教和伊斯兰文化的新纪元。佛教在那里香火断绝，钟鼓噤声。隆盛1000多年的于阗佛教，终于在11世纪彻底降落了。
斯坦因盗于阗
有这样一个人，一些人说他是伟大的考古学家、探险家一些人却说他是无耻的强盗，文明的破坏者。这个人在中国人的眼中尤其罪大恶极，因为他用包括盗取、骗取的非法手段掠走了属于中国的大量文物，严重破坏了极具历史价值的文物。他就是“盗宝特使”--斯坦因。
斯坦因原本是匈牙利人，于1862年出生于布达佩斯一个犹太家庭，4l岁时正式取得英国国籍。他一生中最崇拜的两个人都与中国有关：一个是中国唐朝的高僧玄奘，一个是欧洲的旅行家马可波罗。从青年时代起，斯坦因就热衷于探险，为此而终身未娶。
出于对玄奘和马可波罗的崇拜，斯坦因对中国的历史，尤其是中国西域非常了解。这为他潜入中国盗宝奠定了基础。
1900年10月13日，斯坦因到达和田，制定了考察于阗古国的详细行动计划。他对《大唐西域记》中记载的于阗古国非常感兴趣，一直想知道这个繁荣昌盛、国运久长的文明古国的都城究竟在哪里?
为了揭开谜底，斯坦因再次阅读了《大唐西域记》中关于于阗国的记述，还对照阅读了法国汉学家雷慕沙所写的《和阗城史》。这两本书都在记述于阗国都时提到了玉石的出产。
斯坦因判断，于阗古国王都既然和玉石产地有关，那就应该到盛产白玉的河岸冲积平原上去寻找它。他决定到发现了楼兰古国的斯文•赫定收集到很多古物的约特干村去。
