于阗当时执政的是李氏家族，世代笃信佛教，对喀喇汗王朝强迫佛教徒改信伊斯兰教的做法非常不满，当喀什噶尔的佛教徒发动反抗强制改宗的暴动时，于阗对于受迫害和暴动失败的佛教徒给予了收留和庇护。这让喀喇汗王朝有了发动“圣战”的借口。
大约在公元962年，喀喇汗王朝发动了旨在征服于阗的“圣战”。
在这词战争中，为了取得宋王朝和沙州政权的支持，李氏王朝的使者不断往来于开封、敦煌和于阗之间，于阗国的3位一王子也分赴沙州和开封，请求支援。宋朝因内部事务纷扰，没能从军事上对于阗国给予援助，只派了一个157人的佛教僧侣使团前往，以表示支持。幸好，于阗得到了高昌和吐蕃的全力支持与援助，占据了明显优势。经过历时八年的战争，于阗军队占领了喀喇汗王朝国都喀什噶尔，当地居民纷纷归顺，阿尔斯兰汗战败后逃往中亚，他的宝物、妻子、大象、良马等都成了于阗军队的战利品。
占领喀什噶尔后，于阗王一边安抚百姓，树立傀儡政权，一边遣使向宋朝和报告获胜消息，并送上所缴获的部分战利品。
但好景不长，喀什噶尔很快又被喀喇汗王朝夺回。于阗与喀喇汗王朝再次陷入旷日持久的拉锯战状态。
战争中，喀喇汗王朝的博格拉汗因为在于阗不能打开局面，便开始向西扩张，率领军队翻越葱岭攻打中亚的萨曼尼王朝喀喇汗军西征的时机，于阗军队从背后发动了进攻。博格拉汗不得不挥师东返，仓促应战。结果，博格拉汗竟然在战争中战死。于阗军队乘机一鼓作气，出人意料地再度攻占了喀什噶尔。
博格拉汗的侄子玉素甫•喀迪尔汗得到消息后，立即在撒马尔罕宣布即位。他招募了来自巴格达、波斯、印度及中亚的雇佣军，号称14万之众，很快收复了喀什噶尔，并继续向于阗展开猛攻。
于阗军队多处设防，顽强抵抗，但都被雇佣军相继击破。最终，雇佣军兵临于阗城下。无奈之下，于阗王决定投降，全国改信伊斯兰教。于阗将军乔克和努克拒绝改变信仰，率领一部分同样信仰鉴定的军民向昆仑山退去。喀拉汗王朝的雇佣军不战而胜，顺利占领了于阗。
战争并没有就此结束。乔克和努克在昆仑山中与追击而来的喀喇汗雇佣军进行了殊死的搏斗。雇佣军来自远方，不熟悉昆仑山中的地形，常常不知方向，屡屡受到乔克和努克的袭击，伤亡惨重，士气空前低落。
在策勒一带的南部山区，双方又一次遭遇。战斗前，雇佣军为了鼓舞士气，举行了一次大型礼拜。于阗军队利用敌人做礼拜的机会突然发起攻击，雇佣军在做礼拜时没有带武器，又来不及备马，结果陷入一片混乱，四散奔逃。就这样，这批外国雇佣军被乔克和努克率领的军队彻底歼灭。这一词惨败，直接导致喀喇汗王朝在于阗的胜利化为泡影，不得不立即撤军。
几年后，喀喇汗王朝从失败的阴影中走出来，再度恢复了实力，相继向萨曼尼王朝和于阗国发起新一轮的进攻。
