后来，有一次机关造反派召开批斗会，诬蔑萧克一贯反对林彪，说他在四野和中南军区担任参谋长时，就不尊重林彪的领导，不与林彪配合，结果被撵出四野部队云云。有人来核实萧克反对林彪之事，萧克说：“在军队里像我这样的干部，工作安排是由中央军委和毛主席决定的，不是哪个人可以'召之即来，挥之即去'的，他林彪当时还不是副主席呢，要不要我在四野和中南军区当参谋长，只有党中央、中央军委、毛主席才能决定!”
1969年林彪一号令下达后，中央机关的领导干部被疏散离开北京。农垦部也不例外。萧克、陈漫远等一大批部、局级干部，被送到江西云山“五七”干校。
“九一三”事件后，1972年1月16日，萧克返回北京。4月，中央决定他到解放军军政大学工作。
林彪主持军委工作后，一直以“突出政治”为名，制造军政对立，强调政治可以冲击一切，“突出政治”的观点成为全面建设部队的指导思想。所谓突出政治，其实就是搞阶级斗争。在这种政治压力下，广大指战员心有余悸，顾虑重重，自然不敢抓军事训练。萧克认为军队毕竟是军队，不抓军事训练算什么军队。所以，萧克决心在军政大学彻底清除林彪“空头政治”的流毒，重新确立军校工作以军事教学为中心，要把军政大学办成像南京军事学院那样培养文武双全之才的全军最高军事学府，并推动全军军事训练。
后来，萧克和唐亮等经过不懈努力，终于完成这项艰巨使命，实现了刘伯承等老一辈革命家的夙愿。
有人问萧克：林彪的历史应怎么写?他回答说：实事求是，从历史实际出发，功是功，过是过，尊重历史事实。他主张撰写历史的人必须“誉人不增其美，毁人不益其恶”。要尊重历史，功过分明。
