为了平息朝议，1888年3月13日光绪帝发布上谕向天下昭示此事，从此颐和园工程便公开进行了，到了第二年的1月16日，紫禁城中发生火灾，这在当时被看做是不祥之兆，表明人怨激起天怒，天意示警，再加上不少臣工对颐和园工程的批评，慈禧太后不得不发布懿旨，表示顺从天意将园工规模缩减，即便如此据历史学者推算，颐和园耗费也达到了千万两白银上下，造园就要花钱，这样一笔巨款从何而来呢?
醇亲王负责的海军衙门担起了筹集这个重任，这也许就是后世所谓颐和园花费了海军军费的由来，然而实际情况是这笔巨款的确与海军经费无关，因为一年区区100万两海军经费是远远不能满足造园的需要的，这笔巨款是取自海军衙门的经费，海军衙门是清末一个十分特别的中央级洋务机构，虽然冠以“海军”的名字，由于设立最初的目的是用海军衙门来分解总理衙门的权力，海军衙门的权限极广，不仅海军建设矿务、铁路、电报这些业务也都属于海军衙门的管辖范围。
除了挪用海军衙门经费之外，颐和园工程所挪用的带有“海军”色彩的经费还有两部分，一是海防捐，另一笔就是“海军巨款”。
1888年秋，醇亲王通过李鸿章向一些沿江海省份的总督巡抚授意，让筹资报效颐和园工程，但为颐和园而筹资无法摆上台面，醇亲王于是便想出了海军的名义，各省督抚对此认捐踊跃，共集得260万两之巨，即“海军巨款”，这笔钱并没有拨入颐和园工程，而是全部存进了天津的外国银行和洋务企业，以所得的利息补贴颐和园.
而本金则号称将来用于海军建设，甲午战争爆发后李鸿章上折要求提取这笔“海军巨款”购买军火，获得慈禧懿旨批准，不过因为存期未满等原因，只提出一百五十八万余两，颐和园修建之时清帝国的财政已经是捉襟见肘，尽管造园所费并非直接取自海军经费，但是客观上多少影响了海军的发展。
1888年之后到甲午之前，北洋便没有再添置过铁甲舰，而修颐和园的花费就相当于十几艘定远级铁甲舰的费用，甲午战争一起与日本联合舰队相比，北洋海军已经没有多少“大舰巨炮”的优势可言了。由此可见，政治的掣肘与无能才是甲午战争失败的关键，政制不行，所谓坚船利炮不过是一堆废铜乱铁。
