2005年岁末，为适应复杂的国内外形势，加强军兵种联合作战，中央军委做出一个重要决定，选调若干名高级将领跨军兵种交流任职。军委领导一致认为，黄嘉祥综合素质强，适合扛任务带作战部队，南海舰队战略地位重要，使命任务艰巨，是国家的南大门，是军队重点建设的发展方向。因此，黄嘉祥成为我军历史上第一位从陆军集团军主官升任海军主力舰队主官的高级将领。
从长城脚下来到中国南海，这也是黄嘉祥戎马生涯中遇到的无数次挑战中最大的一次挑战。
“把万岁军的牛气灌注南海”
“大胆将军”，这是南海舰队官兵们私底下对黄嘉祥的爱称。
2006年4月，黄嘉祥刚到南海舰队任职满百天，就独自带领一支由5艘导弹驱逐舰、护卫舰、综合补给舰组成的庞大联合机动编队进行远航训练。编队从湛江起航，经西沙、南沙，直抵马六甲海峡。这次远航，总航时16个昼夜，累计航程近5000海里。途中，他指挥编队进行了6次海上实兵对抗、侦察预警、信息传递及综合保障等演练，组织了8个课题训练、3次航行补给，并带动了歼击机、轰炸机编队和39艘舰艇(船)及沿岸观通站参加，圆满完成了这一次海军近些年来少有的重大军事行动。编队的《远航报告》得到了总部首长的高度评价，黄嘉祥的果断行动也赢得了官兵们上下的赞誉，落下了“大胆将军”的称号。
2010年夏季，黄嘉祥率领南海舰队作战主力齐聚某海域，一次演习就发射70多枚导弹、鱼雷，创造了海军历次演习之最。演习不搞形式主义，不搞提前集结，拉到海上就打实弹，践行了他“搞演习不搞演出”的带兵理念，百分之七十三的命中率被总部首长誉为“不含水分”的实绩。
黄嘉祥常说军人履行职责的好坏，关键是对标准制定的高低。“标准制定的高，照着这个高标准去认真地做好每项工作，你就能干好这个这个职务，胜任这个职责。”
黄嘉祥到了南海后，把38军的作战精神带到了南海舰队。他带领舰队不断跟友邻较劲，跟自身较劲，使部队时刻保持一种嗷嗷叫的旺盛斗志和如履薄冰、如坐针毡的忧患意识，容不得半点疲软和懈怠。
黄嘉祥在南海舰队还不太长的任职时间内，南海舰队无论是军事斗争准备，还是非战争军事行动都走在了全军前列——
舰队编队首赴亚丁湾、索马里海域执行护航任务，舰队编队首次出访日本，产生深远国际影响;2008年汶川抗震救灾，海军陆战队首次千里驰援，奔赴地震灾区现场;在建国60周年天安门广场的阅兵式上，南海舰队首次以3个方阵展示威武之师的风采……
有人评价说，黄嘉祥来到南海，就把“万岁军的牛气灌注南海”。凭着军人们不甘平庸、勇争第一的雄风锐气，南海舰队定能成为“面向世界的窗口部队”。
