不过F-22这样做的有一个缺点就是需要辐射电磁波，合成孔径模式原理进将整个雷达信号做为一个脉冲来处理，从而虚拟出一个大尺寸的天线，对于隐身飞机来说，电磁管理是其隐身性能一部分，这样长时间辐射电磁波在严重电子战环境下显然是非常不利的，如果不使用SAR模式，那么F-22只能攻击固定目标，这样灵活性就要差的多。
如果使用光电探测系统来说，由于它是利用物体发射的红外线来探测目标，不辐射电磁波，那么它的隐蔽性就要高的多，但是隐身飞机的外形是经过严格设计，难以象其他作战飞机那样配备光电吊舱，所以只能采用内置的办法，即使这样如何处理外露的光电器件也是一个难题，F-35的办法是采用宝石外形的整罩来包裹光电器件，同时采用金沉积镀层，以避免雷达电波的进入。因此对于F-35来说，配备了EOTS之后，它在执行对地攻击方面的灵活性就要比F-22就要高的多，当然这也和两者设计的重点不同有关。
当然光电探测系统也有自己的缺点，那就是它只能探测到目标的方位，而不能探测距离，需要采用其他测距的手段，如激光测距或者雷达测距，一样会暴露飞机的行踪，不过比其使用合成孔径模式的机载雷达，它的概率显然要小的多。
