海上测控不同于陆地测控，海上测控受气象水文等影响较大，需要航海动力、通信、测控等多个部门的通力合作才能对卫星进行精确测控，中间哪一个环节出了纰漏，后果将不堪设想。同时，三艘船在海上的协同合作也十分重要。在等待卫星发射期间，三艘远望号测量船进行了多次任务联调演练，保障人员、设备处于最佳状态。以记者跟随的远望六号船为例，为确保任务万无一失，嫦娥二号任务的联调演练已经进行了上百次。
远望六号测量船船长凌元告诉记者，六号船在本次嫦娥任务中将主要负责卫星入轨段及地月转移轨道段的海上测控。其中，卫星太阳翼展开、定向天线展开以及卫星测控模式转换等一系列动作的控制与监视将是六号船的关键任务。9月28日上午，六号船又进行了卫星发射期间任务海域的天气气象会商。根据气象会商结果，卫星发射时六号船所在的任务海域将是多云间晴的天气，东南风5-6级，涌浪2.0-2.5米,能见度在10至15公里。凌船长表示，这样的气象条件对于海上测控来说是比较有利的。船党委书记史磊说，六号船各个部门信心坚定，士气高涨，完全有决心完成好嫦娥二号海上测控任务。
据中国卫星海上测控部党委书记丁兴农透露，早在今年2月就开始从设备的调试、人员的培训等不同方面进行准备。三号、五号、六号船进行了设备线路的故障排查和升级改造；对于即将执行嫦娥任务的科技人员，中国卫星海上测控部也进行了有针对性的培训，其中一个特点就是使科技人员具备一人多能的本领，一个人能够胜任多个不同的工作岗位。这次派出的三艘测量船也是实力最强、设备最先进的三艘船。
中国卫星海上测控部主任费加兵说，由于各个测控海域离祖国大陆的距离不同，三艘测量船自7月下旬先后驶离长江港口。为顺利到达预定海域，三艘船在航程中均经历了太平洋上的大风、大浪、大涌，有的预定海域还是之前远望船队从未到达过的。这些海域海况复杂，均有可能出现风速9级以上、涌浪高4米以上的危害性海况，同时在航行震动、海面温湿度、盐分腐蚀、设备使用年限等因素影响下，船载设备易发生故障，各种意想不到的情况随时有可能发生。为此，整个远望船队设计包括航海、测控、通信、调度、气象、船舶动力、航行、水电空调等各方面的应急预案。
记者所在的远望六号船就先后制定了80多项应急预案保障测量船与北京指挥中心的通信流畅，40余项用于保障测控稳定有效，40余项用来保障航海气象系统提供及时、准点、准确的航行测量数据，30余项确保供电、空调、设备用水的安全，130余项用于保障船舶动力。所有这些措施都是为了确保嫦娥二号海上测控任务的万无一失。
