EA-6B对机翼作了加强，以适应总重增大和疲劳寿命的要求，加强后的机翼可承受5.5g的过载。机身比A-6E加长了1.37米，并且在垂尾翼尖上装有较大的天线。起落架与A-6E基本相同，但作了加强，以适应增加的着陆重量，机身上的着陆钩也进行了加强。动力装置是2台普拉特·惠特尼公司的J52-P-408涡喷发动机，最大推力49.8千牛(5082公斤)。ADVCAP型装J52-P-409涡喷发动机，最大推力53.38千牛(5444公斤)。座舱由2人改成4人，4名机组人员位于两个隔离的舱室内，其中1名驾驶员，1名轰炸/导航员，2名电子战员，后舱内的电子战员负责ALQ-99系统的操作，前舱内的电子战员负责通讯、导航、自卫电子干扰和箔条弹发射，每名电子战员都能独立进行侦察和实施干扰。座舱盖向上开启，采用马丁－贝克GRUEA-7弹射座椅。机载设备包括AN/ALO-99F战术干扰系统在5个干扰吊舱内装10个干扰发射机，每个干扰舱可覆盖7个频段中的一个。垂尾翼尖的天线舱内装有灵敏侦察接收机，可探测远距离的雷达信号，所接收到的信号传输给中央计算机(ICAP-2型用的是AN/AYK-14计算机)，经处理后显示并记录。探测、识别、搜索方向、实施干扰这一系列过程可以自动实施，也可在机组人员的控制下实施。
EA-6最初的原型是A-6双座“入侵者”攻击机。EA-6B的机体在A-6的基础上加长加固，以容纳四名机组成员。另一个区别之处是6B的垂尾处有一个电子干扰天线整流罩。EA-6B的核心是AN/ALQ-99战术干扰系统，同时还可以携带五个外挂电子干扰吊舱。其中一个在机腹下，机翼下四个。每个吊舱装有两个干扰收发机，干扰机可干扰七个波段中的一个。每个吊舱可自行独立供电，由吊舱前端的气动风扇驱动发电机供电。EA-6B能根据任务组合携带吊舱、副油箱和AGM-88“哈姆”反雷达导弹。EA-6B垂尾上的整流罩内装有灵敏的监视天线，能够探测到远方的雷达辐射信号。各种信号由中央任务计算机处理，探测、识别、定向和干扰频率设定可自动完成，也可由机组人员执行。
发动机采用两台普惠J52-P408涡扇发动机，单台推力4767千克。机组人员包括一名飞行员和三名电子对抗干扰操作手。坐在后排座椅的两名操作手负责ALQ-99干扰系统，坐在前排右边的操作手负责导航、通信和自卫电子对抗。
