2004年6月，美国海军与BAE系统公司的官员称，计划明年4月开始EA-6B电子战飞机的数字式飞行控制系统（DFCS）的飞行试验。该套数字系统的平均故障间隔时间值（MTBF）将大大优于现在EA-6B上使用的模拟系统，而系统成本将比较低廉，因为该系统是F-14战斗机上所使用系统的改型。据项目主管Jeff Weathers称，计划所有119架EA-6B飞机都将进行DFCS升级。DFCS系统的飞行试验将在帕特森河海军航空试验中心进行，将耗时1年时间至2006年4月结束，计划完成60次飞行。新系统将在2006年第4季度开始装机，随后进入服役。新系统的主要优势是在可靠性方面。海军航空兵系统指挥部发言人Denise Deon称，现有飞控系统的MTBF不超过100小时，而新系统至少将达到700小时，系统可靠性提高7倍。
2004年7月，美海军为EA-6B机队定购了57套USQ-113(V)3通信干扰系统，这些系统将在2006年9月30日前交付。AN/USQ-113通信干扰系统将为EA-6B提供通信分析和干扰能力。此前，美海军已经获得了67套USQ-113系统。交付工作完成后，美海军整个EA-6B机队将全部装备USQ-113通信干扰机，包括那些用于训练的飞机。USQ-113通信干扰机将与“改进能力 Ⅲ”(ICAP Ⅲ)装置集成到一起，与多任务先进战术终端(MATT)和综合数据调制解调器(IDM)连接起来，使所有机组人员都可以获得来自这些系统的信息,从而更有效地融合所搜集的数据。ICAP Ⅲ装置2003年中期进入低速试生产，2004年4月开始在中国湖的第9航空测试和评估中队进行作战评估，预计9月份完成。美海军希望明年初接收第一批装备ICAP Ⅲ装置的EA-6B飞机。
2005年4月，BAE系统公司最近获得一项价值1710万美元的补充合同，为美海军EA-6B生产6台低波段(LBT)发射机。此项补充合同是2004年10月美海军与BAE系统公司签订的现行合同的一个选项。低波段发射机将在BAE系统公司位于宾夕法尼亚州Lansdale的工厂生产。低波段发射机-天线群(LBT-A/G)是雷达和通信干扰机，通过干扰敌军雷达和通信信号为攻击飞机、舰艇和地面部队提供保护，它是海军战术干扰系统所使用的发射机/天线群之一。
