北京政府严令禁止北大讲演部的活动，并开始大规模地抓捕学生。6月2日，张国焘等6位同学在讲演中被警察逮捕，这是他平生第一次坐牢。张国焘等的被捕，激起学生和社会各界的愤怒，北京、上海乃至全国各地罢课、罢工、罢市一浪高过一浪，北京政府不得不屈服，答应被囚学生的要求，由警察厅道歉，还用汽车将张国焘等礼送回校。他因此而享有“学生要人”的美称。
在北大学生干事会的会议上，他被推举为北京大学学生干事会总务主任兼联合评议部主任，并是北京学生联合会的代表。在北京学生联合会的会议上，他又被推举为北京学生联合会总干事。大潮过后，北京学联的工作冷清下来，他也开始思考往后的人生。10月间，他辞去北大学联和北京学联的职务，一门心思，准备“完成我的大学学业，为自己的前程立下基础”。
北京政府一直没有放弃对学运领袖的迫害。12月的一天，在得知警察将拘捕他的消息后，他和罗家伦悄然上了火车，直奔上海。他在上海凭借北京学运的声望，与国民党上层人士及社会名人广泛接触，如胡汉民、汪精卫、朱执信、廖仲恺、戴季陶、叶楚伦、邵力子和张东荪、梁启超等。他还和许德珩、康白情和刘清扬拜访孙中山。过了10天，孙中山又单独召见他，对他关注民众和工人运动的热情极为赞赏。北京是回不去了，他只得安心在上海避险。这时，上海有个中华全国工业联合协会，这个组织的一些主要负责人，如黄介民、曹亚伯等，他不仅耳闻，而且十分熟悉，他们都是老同盟会会员，是孙中山的忠实追随者。就在孙中山召见张国焘后不久，中华全国工业联合协会邀请他参加这里的工作。他担任了这个组织的总干事，刚开始也是很热心地投入这项工作，可是，当他得知北京的风声已去，重理学业的思想又将他的政治热情复归平静。1920年5月初，他辞去中华全国工业联合会总干事，又回到母校北京大学。
