报道称，对台日在协议中以“免责条款”搁置双方的主权争议，马英九特别表示，这次谈判虽然未在主权议题上取得进展，但在渔权问题上却不小进展，代表台湾一方面坚持主权主张，也愿意在共同开发资源的情况下，以和平方式解决争议。
他也强调，协议中清楚载明，台日对此做决定均不会影响双方在此议题上的其他主张，这次双方虽没有机会讨论钓鱼岛主权问题，“以后有机会再来讨论”。
