“总统府”第一局局长黄伯度在拿到郭廷亮的“自首书”后，要孙立人引咎辞职，写辞呈。孙迫于无奈写了，但因不合上面的要求，被迫“修改”了6次。定稿的辞呈严重违背事实，孙立人拒绝签字。黄伯度威逼说如果他不签，将要危及他3 00位部下的生命。这击中了孙立人的要害：“不能连累他人”。孙立人只有牺牲自己了。
“作案”要圆。蒋氏父子为掩人耳目，又制造所谓“屏东机场阅兵误时”、“利用演习进行兵谏”和“南部阴谋事件 ”等烟幕呼应，用谎言行骗中外，置孙立人于死地。
众评家分析原因。有的说美国人太看重孙立人，功高盖主，主受不了;也有的说蒋介石挥泪斩马谡，平衡黄埔系心理;还有人说“卧榻之侧岂容他人安睡”，是老蒋为小蒋扫除绊脚石，好继“皇位”……
孙案与张案不同的是：张案坑的是张少帅一个，而孙案害的是一群人!被判死刑、20年等不同刑期者35人，被处分、降职、监视者200余人，累及家属成千上万。当年一一三团团长刘放吾在缅甸仁安羌战役中立了大功，被孙案株连后落魄到只能在凤山推车卖煤球。孙立人的清华同学魏振武，本在陆军子弟学校当体育教师，却被判了死刑。孙的旧部、少将军法处处长周芸雨被以莫须有的罪名枪毙，丧尽天良的是还令他10岁的儿子去刑场收尸，而且连判决书都没有!
孙立人一夜间从人间蒸发。新一军战史不准写，与孙立人相关的书不准出，孙立人送郑成功纪念馆的对联被摘，连台北圆山太原五百完人纪念碑上孙立人的题字也被剜去。叱咤风云的孙立人从此幽居沉潜，闭门却扫。
孙立人先后有三位夫人。1919年与龚夕涛结婚。龚早逝。1930年与张晶英女士结为伉俪。晶英女士因不生育而愧疚，遂于1950年为孙立人物色了家庭护士张美英为妻。后自己皈依佛门，远离世垢。美英女士，台湾高雄人，知书达理，善理家务。育二男二女，儿女成人后事业上均有建树。
失去战马、脱下战袍的将军，瞬间变成了一介布衣。孙立人无不良嗜好，不烟不酒。昔日，有人说“官久必富”，孙立人听了说：“为官哪有工夫去发财咧，只有官久必穷。”孙立人用有限的积蓄买了块山地，幽禁在家的岁月里，他薅花弄草，栽培果树，种植玫瑰，由夫人张美英踏着三轮上街卖给水果摊、小花店，补贴家用。不久，台湾兴起养鸡业，孙立人饲鸡，夫人卖蛋。家中荤食，以蛋为主。鸡蛋、皮蛋、咸蛋，人称“三蛋司令”。后因饲料价格暴涨，改养金丝鸟。夫妇二人为生计忙碌，过着地道的平民生活。但孙立人不改军人本色。一次有客来访，他记错了时间，闻客到后，他跑步到门口迎接、致歉。
一日清华人，一世清华情
孙立人有浓厚的清华情结。当年在缅甸仁安羌之战夺得的日本军刀，回国后即送给清华母校作纪念。四个儿女全部毕业于清华(台北)。晚年生活拮据，仍将所撰《孙立人回忆录》所得200万新台币稿费悉数捐给清华(台北和北京)作奖学金。囚禁中，他有一个小心愿，想把自己培植的两株茉莉移到母校清华大学，但未能获准。直到他恢复自由后，才得以偿愿… …他给儿女们起的名字也很能见他的爱国情怀：中平、安平、天平、太平。意为“中国安定，天下太平”。他还令儿女们不得入美籍，不嫁、娶洋人。他素来律己宽人，对于个别伤害过他的部属，他不计前嫌，始终认为“他们是不得已的”。临终前，竟然还嘱儿孙们不要因他的事，闹得“政府”太难堪……
蒋经国任“总统”后，出于某种目的，曾派“总统府”秘书长马纪壮拜访孙立人，问他愿不愿意出来做事。孙以“老了”为由推辞，并表示“现在天塌下来我也不管了”。蒋经国表示要送他一幢小楼，也遭拒绝。因孙所居的房子太破旧，只接受了当局对厨房和浴室的改造。