GEM是爱国者二型的另外一个改良版，容许导弹在飞行中有自我修正飞行路径的能力。在此之前，所有修正讯号必须由地面控制中心传送到导弹上。
爱国者三型比二型体积更小且更准确。这因为它在设计上是瞄准撞击来袭的导弹弹头。导弹弹头上没有任何炸药，导弹是利用它的动能去引爆目标。由于体积缩小,一辆发射运输车得以携带16枚爱国者三型导弹(四具发射器当中，每个发射器配备四枚导弹)。相比之下，爱国者一型或二型导弹只有四枚导弹(每车四个发射器，每个发射器一枚导弹)。爱国者三型不但更准确,而且可以发射更多的导弹拦截每个目标，增加成功拦截的机率。
大部分的改良集中在爱国者的软件上。雷神公司撰写一套只需要借由软件升级，便可以让爱国者一型弹拦来袭的多管火箭。这是针对北朝鲜大量部署多管火箭的威胁。其次，该升级套件让美国军方和雷神公司得以向韩国推销自1991年到2003年防部署在沙特阿拉伯及科威特，与以防御伊拉克的库存爱国者一型。
伊拉克战争期
在2003年的伊拉克战争中，爱国者导弹部队成功地击落数枚伊拉克发射的 弹道导弹，但是也把一架回航的皇家空军龙卷风GR4型战机误认为伊拉克导弹而击落，两名机员阵亡。紧接在该事件后，美国军方声称事发时该架皇家空军的战机没有把敌友识别系统打开。但是一名随同爱国者导弹连采访的美国随军记者表示“陆军的爱国者导弹把友军战机误认作敌军战术弹道导弹”。
第43防空炮兵团下属第2营的E连第一次成功的在战区以PAC-3迎战。除了拦截飞毛腿导弹以外，爱国者也拦截了数枚瞄准沙特阿拉伯及科威特的其他类型导弹，包括海鹰反舰导弹。相较于会进入平流层的飞毛腿导弹，这些导弹在低高度飞行(50米)，令防空系统只有十分少的时间去瞄准及拦截。一些导弹成功穿透了防空网，不过达到的杀伤效果却很有限。
缺陷
自从2000年以来，麻省理工学院教授、军事防御系统的权威波斯托尔一直公开指责NMD存在重大技术缺陷，国际知名的军火商、NMD(国家导弹防御系统)的开发商TRW公司企图哄骗美国政府。据他测算，耗资巨大的导弹防御技术压根中看不中用。可是，美国国防部却把波斯托尔的揭发信定性为绝密文件以掩盖事实真相，与此同时美国白宫对这种“悲观主义论调”也颇不以为然。