在载赫蓝的失败
1991年2月25日，一杖伊拉克飞毛腿导弹击中了沙特阿拉伯载赫蓝的一个军营，杀死了美国陆军第十四军需分队的28名士兵。政府调查指出该次失败归咎于导弹系统时钟内的一个软件错误。在此之前，爱国者导弹连在载赫蓝已经连续工作了100小时。至此，导弹的时钟已经偏差了三分之一秒，相等于600米的距离误差。由于这个时间误差，纵使雷达系统侦察到飞毛腿导弹并且预计了它的弹道，系统却找不到实际上来袭的导弹。在这情况下，起初的目标发现被视为一次假警报，侦测到的目标也从系统中删除。以色列方面发现了这个问题并于1991年2月11日知会了美国陆军及爱国者计划办公室(软件制造商)。以色列方面建议重新启动爱国者系统的电脑作为暂时解决方案，可是美国陆军方面却不明白需要每间隔多少时间就需要重新启动系统一次。1991年2月16日，制造商向美国陆军提供了更新软件。这个软件最终在飞毛腿导弹击中军营后的一天才运抵部队。
成功率与准确度
美国陆军声称爱国者系统在沙特阿拉伯和以色列的初始成功率分别为80%和50%。这些最终被分别修订为70%及40%。
1992年4月7日，麻省理工学院的TheodorePostol和特拉维夫大学的ReuvenPedatzur在美国众议院委员会上作证时表示，根据他们的独立分析，爱国者系统的成功率低于10%，甚至可能只有0%的成功率。
同一天，哈佛大学肯尼迪政府学院的CharlesA.Zraket，以及国际战略研究中心的PeterD.Zimmerman为爱国者导弹系统在以色列及沙特阿拉伯的成功率作证时指出很多在Postol报告中的结果及分析方法有不妥之处。
成功率-飞毛腿导弹被摧毁或被击中后偏离至无人地区的百分比 准确度-命中次数相对于所有已发射的爱国者导弹数目的百分比 这两个数字的差异对于分析爱国者系统在战争中的表现是尤其重要的。
据Zimmerman的论述，标准接战准则是以平均四枚爱国者导弹以拦截一枚飞毛腿导弹;在沙特阿拉伯则平均发射三枚导弹。如果所有的飞毛腿导弹都被击落了或被偏离至无人地区，则成功率为100%，但是准确度只会分别是25%及33%。