毛泽东多措并举，力求保存和解成果。在这种复杂的形势下，毛泽东在新疆倾注了大量心血，采取了一些列的措施：一方面他电令起义的陶峙岳和包尔汉要“维护好民族团结和地方秩序，与人民解放军合作，废除旧制度，实行新制度。”以巩固来之不易的和平成果;一方面邀请新疆地方革命领导人、新疆保卫和平民主同盟主席赛福鼎参加政治协商会议，以争取得到新疆民众最广泛的支持;再就是在新疆新政府成立时，毛泽东制定少数民族当家作主的原则，致电彭德怀：“政府改组，包尔汉仍应为主席。委员应是汉人占少数，维族及其他民族占多数”，并将具体比例定为2比3。
毛泽东选中“王胡子”坐镇新疆平叛。除以上措施之外，为了彻底消灭新疆的顽固残余，毛泽东还布置了最为关键的一步棋，那就是选派王震亲自坐镇新疆平叛。王震率第一兵团挺进新疆，不负众望，顺利的平息了各地叛乱，充分证明了当时这步棋是走对了。毛泽东当时之所以选中王震去坐镇新疆平叛，在路卫兵看来，有以下五个原因：
一是毛泽东非常重视新疆问题。新疆靠近苏联、蒙古和中亚战略要地，国防地位极其重要和特殊。新疆问题能否解决好关乎到中国是否能拥有一个长久稳固的大后方。毛泽东在与彭德怀、王震谈到新疆问题时说：“我们那位老乡左文襄公(左宗棠)说‘若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕甘山西各边时虑侵轶，防不胜防，即直北关山，亦无晏眠之日。’这话是有道理的，对干新疆问题，应该引起我们的特别重视。”而将如此重大的任务交给王震这个湖南老乡，毛泽东是放心的，他对王震说的一席话充分证明了这一点：“左宗棠曾留下了一句诗，‘新栽杨柳三千行，引得春风度玉关’，王震同志，我希望你到新疆后，能够超过左文襄公，把新疆建设成美丽富饶的乐园。”
