1949年9月北平谈判期间，毛泽东亲自邀请张治中商谈和平解决新疆问题。并希望张治中能争取陶峙岳起义。陶峙岳是张治中任新疆省政府主席时邀请去做的警备司令，对张治中很尊重。在张治中的争取下，陶峙岳与包尔汉彻底下定和平起义的决心。马呈祥、叶成、罗恕人见大势已去，转道印度逃往香港，起义障碍扫除之后，陶峙岳与包尔汉联名给毛泽东、朱德发出了起义通电，走出了新疆和平解放的第一步。
和平解放后的新疆并不平静。新疆在整体上虽然和平解放，但是新疆地区形势依然很复杂。新疆旧有的地方势力“赶走汉人”、建立“东突厥斯坦共和国”的分裂思想一直阴魂不散，这种政治思潮在新疆局部地区影响很深，他们通过各种分裂手段，进行分裂破坏活动。当时的分裂势力主要有三股：
部署平叛任务
一是阿不都拉大毛拉在伊犁的叛乱。阿不都拉大毛拉秘密建立了“大突厥主义伊斯兰党”，并派人到迪化(今乌鲁木齐)、喀什、阿山(今阿勒泰)成立分支机构，该组织四处宣传“泛伊斯兰主义”、“泛突厥主义”思想，势力发展很快，到1950年上半年，已发展到8个小组共计1500人，他们积极策划暴乱，散布独立的谣言、标语及传单，试图建立“东突厥斯坦共和国”;
二是乌斯满及其追随者的暴乱。大地主乌斯满及其亲信主要活动在新疆东部的山区和牧区，先后在昌吉、奇台、哈密、绥来(今玛纳斯县)、景化(今呼图壁县)，迪化(乌鲁木齐)以及甘肃、新疆、青海三省交界处发动武装暴乱，并裹胁成千上万的牧民跟随其暴乱;
三是穆罕默德·伊敏的分裂势力。穆罕默德·伊敏是南疆“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的策划者之一，他长期流亡国外，1946 年被国民党政府委派回新疆，出任新疆联合省政府委员兼建设厅厅长。他利用合法身份在南疆和田等地公开宣传和鼓动分裂思想，并组织武装策划了多起叛乱活动。
