但朱元璋到底是否真的葬在孝陵内，现在并没有学者能说“一定”二字。我曾向原在孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生请教过此事，廖称， 在明孝陵“申遗”之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。
后来我再从相关专家处了解到，1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法(GPM技术)，已经明确发现在宝顶地下深处有 一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道(墓道)走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而 地宫的入口就在明楼东侧十几米处现呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开!但这个日子恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，很遥远，这也是说，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，仍将是一个谜!
