“李少荃说‘新疆各城自乾隆年间始归版图”。这种说法实在是数典忘祖!早在周、秦、汉、唐时代，已有西北，并有了隶属关系。纵现历朝各代，每当国家衰亡时，总是最先丢失西北，为了保住东南，結果导致全民族的灾难。因此，只有保住西北，才可控制东南;光想保住东南，不但保不住东南，势必最后连西北都失掉。……
新疆不稳会导致其它地区的连锁混乱，此观点得到了慈禧的认同。1875年6月，慈禧任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，同时以沈葆桢、李鸿章分别督办南、北洋防务，出兵新疆，消灭阿古柏傀儡政权，恢复被沙俄侵占的伊犁地区的主权。左宗棠争取到了用兵新疆的权力，为显示其收回新疆的决心，他命令部下抬棺而行。鉴于新疆远离内地，交通不便，战前着力采运军粮，购置枪炮、弹药，整顿、编组了一支6万余人的作战部队，终于于1876年浩浩荡荡地开进了新疆。
缓进速战，收复新疆
1876年4月7日，左宗棠从兰州移营肃州(今甘肃酒泉)，准备发起进攻，制定了“缓进速战”(“缓进”就是要用一年半的时间筹措军饷，积草屯粮，调集军队，操练将士，创造好出战必胜的一切条件;“速决”，考虑国库空虚，军饷难筹，力了紧缩军费开支，减轻人民负担，大军一旦出发，必须以迅雷不及掩耳之势，速战速决，力争在一年半左右获取全胜，尽早收兵)、“先北后南”的作战方针，命道员刘锦棠率湘军25营主攻乌鲁木齐;提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。清军出关总兵力有80余营，清军按先北后南的方针，首战南北疆交通要冲——乌鲁木齐。
阿古柏得知清军西进的消息，急忙布置防御，令马人得、马明、白彦虎等分守乌鲁木齐、昌吉、呼图壁、玛纳斯、古牧地等地，阻止清军南下;主力部署在吐鲁番和托克逊，阿古柏本人在托克逊督战，总兵力约4万人。
1876年7月，刘锦棠率所部各营到达巴里坤，并进驻古城，7月底与金顺部在济木萨会合，谋攻古牧地。8月中旬，清军进扎古牧地城东和东北。8月17日，清军经过数天激战，占领古牧地，歼敌近6000人。
刘锦棠从缴获的敌方信函中得知乌鲁木齐守备空虚，决定除留两营兵力守古牧地外，主力迅速向乌鲁木齐挺进。8月上旬，刘锦棠、金顺二部清军从阜康出发，采取声东击西的战法，避开供水困难的大道，走敌虽严密防守但水源充足的小道，出敌意外地迫近乌鲁木齐北面重地古牧地(今米泉)。扫清敌外围据点后，用大炮轰塌城墙，17日从缺口冲入城内，一举歼敌5000余人，并乘胜于18日收复乌鲁木齐。白彦虎、马人得等仓皇南逃。尔后，左宗棠命刘锦部驻守乌鲁木齐，防止阿古柏军北犯，并继续清剿山中残敌;命金顺挥军西进。昌吉、呼图壁及玛纳斯北城之敌闻风溃逃。9月初，金顺部开始攻玛纳斯南城，月余不克。后刘锦棠、伊犁将军荣全先后增援会攻，于11月6日占领该城。至此，天山北路为阿古柏军占领之地全部收复。时临冬季，大雪封山，刘锦棠等就地筹粮整军，以待来年进军南疆。
根据阿古柏在达坂、吐鲁番、托克逊三城部署重兵，加强防守，其本人则坐镇喀喇沙尔指挥的情况，左宗棠于1876年11月初拟定了三路并进收复南疆的作战方案：刘锦棠部由乌鲁木齐南下攻达坂城，为北路;张曜部由哈密西进，为东路;徐占彪部出木垒河，越天山南下，为东北路。张、徐两部协力攻取吐鲁番，得手后，立即攻托克逊。
1877年4月14日，清军开始向南疆进军。刘锦棠率主力1万余人及开花炮队由乌鲁木齐南下，16日进至达板外围，乘守敌不备，迅速完成对该城的包围。4月18日，清军打退增援之敌，在达坂城外增筑炮台。4月19日，炮台筑成，清军用开花大炮轰塌城中大炮台、月城和城垛，击中敌弹药库，敌军死伤甚众，企图突围，被清军截杀未逞。敌守军在清军强大攻势面前只得投降，达坂城克复。这一战，清军共击毙敌军2000余人，俘敌1000多人。与此同时，张曜部和徐占彪部在盐池会师后，于4月21日克七克腾木，22日克辟展，25日克胜金台，向吐鲁番挺进。
4月26日，刘锦棠部攻克托克逊。随后，张、徐二部在罗长枯部湘军协助下收复吐鲁番。至此，清军三路并进，未及半月即收复三城，为彻底打败阿古柏创造了条件。南疆人民纷纷起义，反对阿古柏的反动统治。阿古柏见大势已去，于5月下旬逃至库尔勒自杀(另说他杀)。其子伯克，胡里在喀什噶尔称王，继续顽抗。
