不过，在事变发生后，印共总书记艾地指示党的各级组织：千万不要举行拥护“9·30 ”运动的示威游行，声明那些是陆军内部事务，与印共毫无关系，并表示完全支持苏加诺宣布的任何解决办法。此后艾地被迫转入地下活动，但他却在意料之外，被贴身警卫中的一个陆军谍报处的特务出卖了，而遭到杀害。
美国扮演的不光彩角色
时至今日，越来越多的解密资料显示，在这场屠杀背后，美国扮演了很不光彩的角色。资料显示，政变发生仅四天之后，美国当时驻印尼大使马歇尔·格林就表示希望军方能够利用1965年9月30日六名将军被杀的机会，指控印尼共产党阴谋夺权并控制印尼。
尽管格林并不确定印尼共产党是否参与了事件，但他于1965年10月5日发给华盛顿的电报中，仍强调军队必须行动果敢：“不管是何背景……军队控制着局势，它拥有诸如报纸、电台、电视等重要的权力工具。它还掌握了六名高级将领被杀的原因;如果军队想利用这一点的话就可以加以利用。它已经开始这样做……除了共产党和他们的随从，穆斯林团体和其它人都站在军队一边……”“如果行动神速的话，军队现在具有击败印尼共产党的大好时机……被害将军尸体的发现，使上述汹汹势头达到了高峰。总而言之，机不可失，时不再来……”
在10月15日另一份要求转呈美国情报机构的电文中，格林强调需要进一步进行反共宣传：“在所有媒体，通过不断重复的事实，将目前这场恐怖事件和悲剧同北京及其共产主义思想联系起来;将绑架并杀害高级将领的手法同北越在南越村庄中杀害村长的事件联系起来。”
两天后，美国助理国务卿邦迪在同澳大利亚外交代表团会见时一起讨论了印尼局势和军队应采取的战略。随后，在北苏门答腊省发生了大规模反共流血事件。当地一个同军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠杀共产党青年组织的领导人，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的共产党人，大批华人遭到殴打，房屋、商店被烧。在亚齐省，穆斯林狂热分子几乎袭击了当地所有的共产党人，一些亚齐暴徒甚至将人杀死后，将他们的头颅割下，挂在道路两旁的柱子上。
