飞机停下后，恐怖分子先后将多名人质杀死，并提出加油的要求，但马耳他方面却拒绝。谈判开始时，劫机者只同意与利比亚方面谈判，利比亚大使在机场指挥塔通过无线电对讲机重复利比亚政府的态度：“由于发生流血事件，利比亚不愿接受这架客机”。
谈判结束后，埃及政府决定采取突袭行动，25名突击队员飞往马耳他，美国亦派出3名反恐专家予以协助。24日晚8时15分，埃及总统穆巴拉克正式下达突袭命令。整个拯救人质的行动持续约10分钟。
事件最后造成60人死亡，28人受伤。飞机因损毁严重报废。
