中国和日本保留的资料已详细记录了这支部队的累累罪行，就连美国国家档案馆解密档案也证实：731部队仅“在1937-1942年间共生产了1700余枚细菌炸弹，其中包括用于污染土壤的炸弹，用于播撒细菌云雾的炸弹，以及通过创口感染造成伤亡的碎片弹药等。”731部队制造的细菌数量庞大，有的是以公斤计算，有的是以试验管数量计算。据1954年731部队林口支队长榊原秀夫供述：“1945年1到6月，生产了870支试验管的霍乱菌、伤寒菌和A型副伤寒菌，准备进行细菌战。”日本进攻内蒙古、浙江、江西、湖南、云南等地期间，在战场内外都大面积使用了这些细菌武器。
731部队是日本精心策划、组织和实施细菌战的核心机构，是世界历史上规模最大的细菌武器研制的大本营，也是发动细菌战争的策源地。为了掩人耳目，731部队频繁更换部队代号，实行严格的内外保密制度，据文献记载，其曾经更换过10余个部队代号。随着日本侵华战争的全面铺开，731部队细菌战基地规模也逐渐扩大。1938年6月30日，日本关东军发布了“关于设立平房特别军事区域”的命令，将731部队所在的哈尔滨平房地区划定为“特别军事区域”，并设为禁飞区域，对外树立“未经关东军司令官允许不得进入特别军事区域”的警告牌。
731部队是日本天皇和日军的宠儿，有充足的军费。仅1940年以后，该部队的军费即超过1000万日元，并以优厚待遇，招揽日本医学精英。从1933年组建到1945年日本投降的12年中，731部队一直处于日本参谋本部和关东军的双重领导之下，以直接参与侵略战争为使命，从事各种细菌传染实验和细菌武器研制并在战场上实施。日本其他细菌部队则以731部队为参照，同样冠以“防疫给水”之名，行实施细菌战之实。据日本防卫省防卫研究所战史研究室档案记载：从1938年到1945年，在731部队的直接参与和指导下建立了一系列细菌战机构。到日本投降前，一共组建了63支防疫给水部队，并实施了大范围的细菌战和人体实验，其范围覆盖中国大部分地区，以及韩国、马来西亚、新加坡、泰国等东亚和东南亚地区。
731部队作为邪恶战争机器的重要组成部分，主要进行的是进攻性和预防性细菌武器的研究。所谓进攻性细菌武器，是利用各种传染病菌及其媒介物进行杀伤的一种武器;而所谓预防性细菌武器，是指细菌武器传播的传染病的预防剂，包括疫苗、菌苗和血清。731部队所从事的细菌研究并不是以医学和科研为目的的，而是为侵略战争服务的，这一点在731部队组建和发展的过程中即已展露无遗。从731部队及其他防疫给水部队组建的时间、地点、规模以及覆盖范围来看，实施细菌战是日本侵略中国和亚洲其他国家的重要手段，是日本侵略战争体系中的重要组成部分，是自上而下有预谋、有组织的国家犯罪。
