据不完全统计，蔡孝乾投靠国民党后，共有400多人以“匪谍”罪名被抓捕，造成中共台湾省工委成立以来的毁灭性打击，组织几乎全部瓦解。1950年春夏，中共台湾省工委重要干部几乎被一网打尽。蔡孝乾、张志忠、林英杰、计梅真等，全部被关押在保密局台北延平南路看守所里。此后，中共台湾省工委下属组织全部破坏，共抓捕1800余人，不肯屈服者都遭处决。
1952年4月25日，重整后的台湾共产党在苗栗山遭到破坏，400余人被捕。从此，中共在台湾的活动转入低潮。同时，中共台湾省工委在台湾建立的武装基地也遭到破坏。最后一个“鹿窟武装基地”隐蔽坚持到1952年，在保密局特务会同军警的进攻下也被摧毁。
【监狱里对蔡孝乾展开“批判”，为时已晚】
中共台湾省工委之所以遭受如此大破坏，有对解放军渡海时间估计过于乐观和岛上回旋余地小等客观因素，但主观指导失当及领导者个人品质是主要原因。保密局档案在“蔡孝乾案”中的“对本案综合检讨”说：“……共匪各级组织与忠实程度均不够，一经破坏追捕，即全面动摇，终至瓦解……台共与匪中央缺乏直接联系，与匪华东局联系时，亦时断时续，迄‘台湾省工委会’破获时止，其电台尚未建立，即可概见。而军事干部缺乏，部队又未经政治教育，工农群众毫无斗争经验，均属失败之主要因素。”
蔡孝乾从艰苦的延安返台后，因台湾当地的经济水平远高于大陆，他开始痴迷于生活享乐，热衷于联络台湾当地上层工商人士。妻子去世后，蔡孝乾便同14岁的妻妹马雯娟同居，钱不够花时便挪用组织经费。1949年，蔡孝乾竟向台湾一些富人透露自己的真实身份，声称赞助经费的话台湾解放后必予关照。谷正文在回忆中还提到了蔡孝乾被捕后的情况。他说，陈泽民、张志忠、洪幼樵等几名地下党干部被捕之后，曾在牢房中集体批斗蔡孝乾。张志忠指着蔡孝乾破口大骂，指责他生活腐败，引诱14岁的小姨子;侵吞一万元美金工作经费，天天上波丽露西餐厅吃早点，中午和晚上在山水亭餐厅吃山珍海味，吃过晚饭上永乐町看戏……完全是一副资产阶级的嘴脸，竟然还敢到处张扬他是共产党在台湾的领导人。
谷正文在评论蔡孝乾时说：“一个人说话是不是诚恳，从他的双眼大致上可以看得出来。而蔡孝乾被捕后的最初几天，应讯虽然大方，但是眼神却闪烁不定，所说的内容大抵不着边际，这点，我暂时不与他计较。从第一眼印象，我便假定他很注重物质生活，这种人，如果能充分满足他的物质欲求，慢慢地，就可以主宰他，到那个时候，他什么话都会说。”谷正文在评价台共失败原因时说：“我认为，共产党在台湾的地下工作之所以失败，除了组织成员过于乐观，以致行迹过于暴露之外，它的领导人蔡孝乾的浮奢个性更是一个严重的致命伤。
