第三阶段
攻占东普鲁士，德军被围歼
(1945年4月2日～4月25日)
4月2日～6日，为歼灭德军柯尼斯堡集团(4个步兵师、数个独立团，13万人)，苏军2个空军集团军，列宁格勒方面军、白俄罗斯第2方面军与波罗的海舰队的航空兵部队，第18集团军的轰炸机和地面炮兵进行了长达4天的火力准备。
4月6日～9日，苏军实施柯尼斯堡进攻战役。
6日，苏军白俄罗斯第3方面军进行90分钟的炮火准备、航空兵突击(1052架次)后，地面部队发起进攻。德军进行了顽强抵抗。至日终前，苏军第39集团军楔入德军防御4千米，并切断了柯尼斯堡-皮劳铁路线;第43、第50集团军和近卫第11集团军突破了德军第一道阵地。
7日，苏军航空兵共出动4758架次，向德军阵地投掷1658吨炸弹。至8日止，苏军攻占了柯尼斯堡的港口、铁路枢纽，割断了要塞守军与泽姆兰德半岛德军的联系。
9日晨，苏军炮兵和1500架飞机进行密集突击，第43集团军和近卫第11集团军对残敌发动进攻，德军坦克第5师和守军部队西逃未遂;21时，柯尼斯堡德军投降。
4月13日～25日，白俄罗斯第2方面军在红旗波罗的海舰队航空兵的支援下粉碎德军泽姆兰集团。
13日凌晨，苏军发起了强大攻势;当日，德军的防御阵地被突破。14日，泽姆兰德半岛德军开始退却。17日，苏军发起总攻;傍晚，全歼泽姆兰德半岛的德军。25日，白俄罗斯第3方面军在波罗的海舰队的配合下，攻克皮拉岛德军在泽姆兰德半岛上的最大港口。
此阶段，苏军歼灭德军约4.2万人，俘虏约9.2万人。
战役评价
战役中，苏军出动飞机14.6万架次(包括海军航空兵4100架次)，其中61.4%用于直接支援地面部队作战。此役，苏军攻占东普鲁士，摧毁了德国的东方前哨堡垒，解放了波兰北部部分地区，具有重大的军事、政治意义。德国武装力量被大大削弱，还失去了一个重要的经济区，德军海上交通线也被完全破坏。
东普鲁士战役使苏军战役理论得到进一步发展。一是取得了在滨海方向计划、组织、实施由方面军群、舰队、航空兵参与的大规模战略进攻战役的经验。二是突破德军纵深梯次防御地域的经验更加丰富。三是空地协同、步炮协同、分割围歼等战役战术得到发展。
