万历王朝做出荒唐决定
奎瓦等抵达澳门的消息传到漳州，有经常往来漳州和马尼拉的中国富商到澳门与其会见，答应把函件转交中国官员，设法动员华侨继续贸易。奎瓦在澳门了解到，明朝政府已获悉屠杀事件，但全国平静，没有集结舰只进攻马尼拉的迹象。获得这个重要情报后，奎瓦购买了一批军事物资，于5月回到马尼拉。
奎瓦带回的消息令西菲当局忧惧大减，但直至1605年5月，西班牙人望眼欲穿的华商船只仍难觅踪影，相反却从澳门传来消息，中国已经集结一支军队，准备前来兴师问罪，一时间又使西班牙人惊惧不已。事实上，尽管明朝当局了解了事件真相，但它一贯把移民国外的华侨视为贱民，因此仅写了一份《谕吕宋檄》，于1605年5月底、6月初由中国贸易船队中一名船主带到马尼拉，分交菲律宾总督、马尼拉最高法院和马尼拉大主教。檄文未对屠杀行为进一步严加追究，只要西班牙殖民当局保证华侨今后生命财产的安全，并宣布对殖民者“不忍加诛”，“其海外戕杀姑不穷治”，要求西班牙方面“当思皇帝浩荡之恩，中国仁义之大”。
明朝未出兵讨伐还有当时现实条件的限制。在西班牙屠杀华人大致同一时期，大明王朝进行了三场大规模战争：在西北的宁夏，西南的播州，特别是从万历二十年(1592)开始的长达7年与日本在朝鲜进行的战争。这三场大战明朝都取得胜利，但国家军事和财政能力损耗极大。
郑氏父子曾欲出兵
明朝的纵容使得殖民者对菲律宾华侨的欺压更加有恃无恐，绝境中的华侨不堪其苦。1639年，华侨再次发动起义，并坚持近4个月。这一次，西班牙殖民者彻底杀红了眼，无数华侨平民包括虔诚的天主教徒死于屠杀。
得知菲律宾华侨的悲惨处境后，1657年，坚持抗清的明朝大臣郑成功致函爪哇岛巴达维亚的一名华侨，要求他停止与西菲当局进行贸易。他还提出要率兵攻取菲律宾，以示惩罚。1662年，郑成功攻下台湾后，派人向菲律宾总督下书，谴责其杀戮掠夺华侨的罪行，严令其改邪归正。
面对郑成功的威胁，西班牙人反而进行了第三次对华侨的集体屠杀。郑成功闻讯大怒，他一面抚恤逃到台湾的华侨，一面组织筹备军队，于是菲律宾岛上再度风声鹤唳，人人自危。当时荷兰人也威胁着西班牙人在菲律宾的地位，岛上菲律宾人反西起义频发，西班牙殖民者感到回天乏术，随时准备撤离。
但郑成功尚未出兵就出现内乱，不久郑成功病逝。他的儿子郑经接着治理台湾，并派人同西班牙殖民当局交涉。据说郑经在1670年和1671年两次准备征讨马尼拉，但因各种因素而未能出兵。
