1574年,活跃于福建一带的私人武装头领林凤差点攻占马尼拉,让西班牙殖民者对华人大为恐惧。1593年,菲律宾总督达斯马里纳斯远征摩鹿加群岛,由于他强迫华侨充当桨手,引发不满。途中,达斯马里纳斯所在旗舰上的华侨潘和五等人奋起反抗,将船上包括总督在内的西班牙人几乎尽数杀死(仅12名士兵死里逃生),随后驾船远走。这次事件后,马尼拉当局煽动排华浪潮。在这一背景下,1594年初,一支中国船队在福建官员带领下,载着士兵和武器到达马尼拉,接回3000名华人。
1603年,菲律宾岛又出现一则传闻:中国皇帝有意占领菲律宾以获取这里的黄金。这一传闻源自一名在吕宋生活多年的木匠,他称吕宋有一机易山,“其上金豆自生”。万历皇帝信以为真,下令福建官员前去勘查。西班牙人本就对中国颇为忌惮,何况菲岛华侨众多,因此疑心中国想“开疆裂土”。随着排华情绪渐浓,西菲当局欲迫害甚至屠杀华侨的意图越来越明显。
1603年10月3日,不愿坐以待毙的华侨爆发大起义,但由于缺少武器和军事经验,他们仅坚持了41天。起义很快演变成一场大屠杀。在当局的煽动和蒙骗下,包括土著、日侨在内的各方力量都参与到屠杀中。据统计,至少2万华侨被杀。
马尼拉忧心明廷报复
大量屠杀华侨对菲律宾本土经济产生致命影响,物资匮乏、经济萧条。当局财政状况严重恶化,甚至需要借贷度日。西班牙人忧心中国商船不再到来,会令遥远的美洲受到波及。更大的恐惧是,他们担心明朝政府会进行报复。西菲当局紧急加强战备,但军队士气低落,口粮严重不足。殖民者只能心惊肉跳地等待,马尼拉笼罩在绝望和萧条气氛中。1604年6月,一批对前途悲观的富人离开马尼拉,举家迁往墨西哥。
西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚一面做些表面工作,如部分发还华侨商人的财产,发动幸存者给国内写信,企图证明西班牙殖民者“清白”;一面派特使奎瓦携带致广东、福建两省巡抚和其他官员的函件,于1603年12月10日乘船前往澳门,并趁机刺探中国有否进攻菲律宾打算的军事情报。考虑到澳门的葡萄牙人对中国比较了解,阿库尼亚还写了几封信,详述华侨起义事件,并附上致中国官员函件的副本,让奎瓦分发给澳门的司令官、主教、在政务方面有着较大发言权的耶稣会教士等。
奎瓦一行因遭遇风暴于1604年2月折返马尼拉,2月25日又由150名西班牙士兵和一名神父陪同再赴澳门。但葡萄牙人出于打击贸易竞争对手的考虑,始终未将函件转交中国方面。